Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 274,791 | C→A | 8.7% | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 274,791 | 0 | C | A | 8.7% | 165.1 / 4.5 | 56 | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/21); new base A (3/2); total (33/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
GCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCT > NC_002947/274647‑274931 | gCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGTGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGt < 7:344917/149‑1 (MQ=255) tGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCTGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGc < 8:25945/142‑1 (MQ=255) tGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGAGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGc > 7:25945/1‑142 (MQ=255) gAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt > 5:67273/1‑149 (MQ=255) gAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt > 5:307341/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATc < 7:94321/149‑1 (MQ=255) gTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATc > 1:24344/1‑149 (MQ=255) tttttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt < 6:26017/143‑1 (MQ=255) tttttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt > 5:26017/1‑143 (MQ=255) tttttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATc > 3:42798/1‑148 (MQ=255) aGGGCGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCAGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCaa < 5:207753/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCgg > 3:162998/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCgg > 3:168576/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGATGCGCGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGATCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCATGCCGGTTTCATCGATACAAGCGATCAACTCATCgg > 7:251540/1‑149 (MQ=255) caccgaaGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGc < 3:277136/142‑1 (MQ=255) ggTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGTGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCa < 2:218928/149‑1 (MQ=255) tAGGCAGTCTTGTAGCGTCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCATCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAAGAGTCCAGGACGGTTTCATGGATACACGCGATCAACTGCTCGGCCACCt < 8:251540/148‑1 (MQ=255) tAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTg > 2:326835/1‑149 (MQ=255) cAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGtt > 6:238754/1‑147 (MQ=255) cAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGtt < 5:238754/147‑1 (MQ=255) tCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGgc > 4:363613/1‑149 (MQ=255) tCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGgc < 1:204888/149‑1 (MQ=255) tAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCg > 2:285179/1‑99 (MQ=255) tAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCg < 1:285179/99‑1 (MQ=255) ctgAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGCTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTAc < 4:42798/147‑1 (MQ=255) tgAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACg > 7:229844/1‑147 (MQ=255) ttGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGgc < 3:363613/149‑1 (MQ=255) ggATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGgccgcc > 5:238379/1‑148 (MQ=255) gATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGtt > 8:102850/1‑149 (MQ=255) gAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGc > 4:112252/1‑148 (MQ=255) gAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGc > 7:335726/1‑148 (MQ=255) tCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTAc < 1:320206/116‑1 (MQ=255) tCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTAc > 2:320206/1‑116 (MQ=255) cTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgc > 5:84900/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgc > 6:284797/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGAACCACGCGATAAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAACGCGTGCTGTTGCAACAGgc > 5:61966/1‑149 (MQ=255) tctcCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggcgg > 1:20800/1‑149 (MQ=255) ggggTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGCCGTTCTGTTGCAACAGCCGCCCGCGGGTc > 7:270184/1‑147 (MQ=255) aCGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGt < 6:67273/148‑1 (MQ=255) cGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCtt < 8:229844/148‑1 (MQ=255) gggTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTg < 4:244966/143‑1 (MQ=255) gggTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTg > 3:244966/1‑143 (MQ=255) gggTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGc < 2:24344/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGTTGAAACCGTCCAGGTCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCCGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGc > 7:56529/1‑148 (MQ=255) gTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCaa < 3:112252/149‑1 (MQ=255) tcgatGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCCACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTg > 5:374082/5‑149 (MQ=255) aGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTg < 6:238379/149‑1 (MQ=255) gTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgc > 8:295925/1‑149 (MQ=255) atGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGc > 8:235363/2‑131 (MQ=255) atGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGc < 7:235363/130‑1 (MQ=255) atGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgcg > 6:68104/2‑149 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCt < 4:101369/99‑1 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCt > 3:101369/1‑99 (MQ=255) aCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg > 8:242248/1‑149 (MQ=255) ccGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGc < 7:295925/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCTGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCt > 8:138206/1‑148 (MQ=255) tCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggc < 3:249764/112‑1 (MQ=255) tCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggc > 4:249764/1‑112 (MQ=255) | GCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCT > NC_002947/274647‑274931 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |