| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,980,644 | A→T | 5.8% | L353Q (CTG→CAG) | cobW ← | adenosylcobalamin biosynthesis protein CobW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,980,644 | 0 | A | T | 5.8% | 196.2 / 2.4 | 69 | L353Q (CTG→CAG) | cobW | adenosylcobalamin biosynthesis protein CobW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/34); new base T (2/2); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
GGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCA > NC_002947/3980508‑3980791 | ggCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGTAATGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTAAGCCGGTACCAAACCCCCGGGCGGAGTCCGCAGCCGGTGCATGGGACAGGCGC‑CCAGCCCCTGgcg > 1:102025/1‑148 (MQ=255)ggCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGgcg > 7:145365/1‑147 (MQ=255) gCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAg > 4:207106/1‑149 (MQ=255) gCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCGCCTGCGCCAGGCGCTgggc < 7:237830/149‑3 (MQ=255) cAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGgcgcg > 1:226329/1‑149 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCa < 2:226329/149‑1 (MQ=255) gtgtGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCt > 1:178199/1‑149 (MQ=255) tgAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTggg > 4:74649/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCTGCGCCAGGCGCTGG‑GCGCCtgac < 6:12540/139‑4 (MQ=255) aTCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCTGCGCCAGGCGCTGG‑GCGCCtgac > 5:12540/1‑136 (MQ=255) ccgcGGCAGAGAATCACCCGCTCGGCGGGGGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGCCATCCGGTACGACACCACCGGGCGGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATc < 2:291214/149‑1 (MQ=255) cgcTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCGGCTGGGCAGCATCg < 1:351514/149‑1 (MQ=255) gcTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGa < 1:240519/149‑1 (MQ=255) gcTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGa < 1:245668/149‑1 (MQ=255) cTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg < 3:253965/149‑1 (MQ=255) gCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg > 4:351731/1‑147 (MQ=255) gCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg > 4:346183/1‑147 (MQ=255) gCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg < 3:351731/147‑1 (MQ=255) gCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg < 3:346183/147‑1 (MQ=255) aaTCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAg < 2:11982/114‑1 (MQ=255) aaTCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAg > 1:11982/1‑114 (MQ=255) aaTCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGc > 1:173050/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATc > 7:75278/1‑133 (MQ=255) ccAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATc < 8:75278/133‑1 (MQ=255) gCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAg > 6:236892/1‑148 (MQ=255) ggcggGTGT‑CTGGCCTAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGCTTGAGTCCGTTTTTGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCa < 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ggCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGAt < 4:202393/130‑1 (MQ=255) gCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATgc > 4:30208/1‑149 (MQ=255) gTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCt > 6:203412/1‑149 (MQ=255) aTCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAgg > 1:167544/1‑149 (MQ=255) tCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAg > 6:185327/1‑147 (MQ=255) tCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAg < 5:185327/147‑1 (MQ=255) cGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGgcgc < 3:30208/149‑1 (MQ=255) ggTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGcgcg < 2:178199/149‑1 (MQ=255) tACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGc < 6:94561/98‑1 (MQ=255) tACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGc > 5:94561/1‑98 (MQ=255) gAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg < 8:325849/87‑1 (MQ=255) gAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAg > 7:325849/1‑87 (MQ=255) aaaCCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGaa < 3:74649/149‑1 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGcgcg > 4:293835/1‑139 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGcgcg < 3:293835/139‑1 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGc < 2:102025/149‑1 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGc < 3:207106/149‑1 (MQ=255) accGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCt < 2:167544/149‑1 (MQ=255) accGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCt > 8:182502/1‑149 (MQ=255) gggCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGt < 5:203412/149‑1 (MQ=255) ggCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTc < 1:365291/149‑1 (MQ=255) ggCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTc < 2:173050/149‑1 (MQ=255) ggCTGAGTCCGCAGCAGGGGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTc < 2:326827/149‑1 (MQ=255) gTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCgg < 3:115389/107‑1 (MQ=255) gTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCgg > 4:115389/1‑107 (MQ=255) tCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACgg > 1:29520/1‑149 (MQ=255) tCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACgg < 7:182502/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGGTGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTg > 3:236554/1‑149 (MQ=255) 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1:161347/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGgcgcgc < 4:182006/92‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGgcgcgc > 3:182006/1‑92 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCg > 7:77362/1‑148 (MQ=255) cAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCa > 1:293706/1‑149 (MQ=255) | GGCGAGCAAGGCCAGGTGTGAATCGCCGCTGCAGAGAATCACCAGCTCGGCGGGTGT‑CTGGCCGAGGTCGGCAATGCTGTCATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGC‑CCAGCGCCTGGCGCAGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCA > NC_002947/3980508‑3980791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |