Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,005,171 | G→A | 9.7% | G290G (GGC→GGT) | PP_3534 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,005,171 | 0 | G | A | 9.7% | 109.0 / 2.7 | 42 | G290G (GGC→GGT) | PP_3534 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/18); new base A (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTG > NC_002947/4005045‑4005318 | ccGAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGATTCGGGTTGGTCGATAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCTTGTACAAGCGCATCGACGACAGATCGTCAGCTCCCCCCACCCGCCAGCAACTGCGtcttca > 4:281881/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCACCCGCCAGCACCTGCGtcatca > 4:281878/1‑149 (MQ=255) cGAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCAc > 5:142202/1‑149 (MQ=255) gAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCAcc > 7:78664/1‑149 (MQ=255) gCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAgcgc < 4:311594/148‑1 (MQ=255) aaaGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTg < 3:208805/149‑1 (MQ=255) tCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGtc < 3:215214/119‑1 (MQ=255) tCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGtc > 4:215214/1‑119 (MQ=255) ccGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACAt > 8:187943/1‑149 (MQ=255) ccGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGATTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACAACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTCCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATcaca > 4:259370/1‑148 (MQ=255) gACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTTGGGTTTGGGTGATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCGCACCGCCCGGCAGGATCTGCGTCATCTGCTca < 2:177975/125‑1 (MQ=255) tGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCg > 4:149783/1‑149 (MQ=255) atatTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGt < 8:78664/149‑1 (MQ=255) atatTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGt < 3:149783/149‑1 (MQ=255) ttGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCa > 4:134856/1‑149 (MQ=255) 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tACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCgg > 5:245449/1‑149 (MQ=255) tACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCACCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCgg < 3:281881/149‑1 (MQ=255) aCAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATACCACCACCCGCCATCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCAAAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCgg < 3:281878/148‑1 (MQ=255) cAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGcc < 4:196564/149‑1 (MQ=255) aaGCGGATCGACCAGAGATAGTGAGATCCCACCGGCCGCCAGCAAGTGCGTCATGACCTCAGCCAGCGCGTTGACCATCACATGGGCCTTTTGCCGGTGCACGATGACGATGTCATAGCTGTCGACCTCCGGCTGCCCTTGCGCGGacc < 6:211578/149‑1 (MQ=255) aaGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATa < 3:209262/117‑1 (MQ=255) aaGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATa > 4:209262/1‑117 (MQ=255) aTCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAaca > 5:191472/1‑149 (MQ=255) cacaGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGc > 4:95678/1‑130 (MQ=255) cacaGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGc < 3:95678/130‑1 (MQ=255) aGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCt > 3:38024/1‑149 (MQ=255) tCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGc < 7:187943/149‑1 (MQ=255) tCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGc < 3:259370/149‑1 (MQ=255) aGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAacac < 3:326502/133‑1 (MQ=255) aGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAacac > 4:326502/1‑133 (MQ=255) tCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGgcc > 2:80949/1‑149 (MQ=255) cACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGgccgcc < 4:38024/149‑1 (MQ=255) cgcccgccAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTg > 7:107154/1‑149 (MQ=255) | CCGAGGCCGCGCTGGCAAAAGGCGTATCCGACGGGTTGCCTGATATTGAATCGGGTTGGTCGAAAGTGTGTGTGTGGGCTTTGGGTCATGTACAAGCGCATCGACCACAGATCGTCAGATCCCACCGCCCGCCAGCAACTGCGTCATCACCTCAGCCAGCGCCTTGACCATCACATCCGCCGTCGGCCGGTGCACGATGACGATCTCATAGCTGTCGACCTCCGGCAGCCCTTGCCCGGCCCCCAACACCCTGTGCTCGCCGGTGGCCGCCCTG > NC_002947/4005045‑4005318 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |