Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,150,537 | C→A | 6.8% | T47N (ACC→AAC) | PP_3655 → | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,150,537 | 0 | C | A | 6.8% | 189.3 / 4.0 | 59 | T47N (ACC→AAC) | PP_3655 | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/27); new base A (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 |
GAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGC > NC_002947/4150389‑4150682 | gAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCAc < 8:268793/149‑1 (MQ=255) tcaTGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGTGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGgcgcg > 2:258321/1‑149 (MQ=255) aTGTCCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGGTGACGATGGGCAACGgcgcga < 3:301254/148‑2 (MQ=255) aTGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCt < 2:263724/149‑1 (MQ=255) aCCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTgg < 2:12969/148‑1 (MQ=255) aGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGgtgt > 3:68658/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGtgt‑g < 4:244469/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGtgt‑g > 6:324164/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGtgt‑g > 7:252514/1‑149 (MQ=255) ttCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTcc < 7:208088/149‑1 (MQ=255) cGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGTGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCa < 1:258321/148‑1 (MQ=255) gCACCCCTGATAGTAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGTTTCGGCGGCAACATCGCGCCGGTGACGATGGGCAACcgcgcga < 5:127869/127‑2 (MQ=255) gCACCCCTGATAGTAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGTTTCGGCGGCAACATCGCGCCGGTGACGATGGGCAACGgcgcga > 6:127869/1‑126 (MQ=255) aCCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTg > 8:241452/1‑148 (MQ=255) gATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTgg < 8:252514/149‑1 (MQ=255) tAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTa > 8:320826/1‑149 (MQ=255) aaaaaCACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGt > 3:115260/1‑145 (MQ=255) aaaaaCACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGt < 4:115260/145‑1 (MQ=255) aaaCACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATgggg > 1:24583/1‑149 (MQ=255) aaCACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGc < 7:241452/149‑1 (MQ=255) acacGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCAtc < 5:324164/149‑1 (MQ=255) acacGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCCGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGCGGCAtc > 5:284814/1‑149 (MQ=255) tGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTc < 2:24583/149‑1 (MQ=255) cccccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATcc < 7:192313/142‑1 (MQ=255) cccccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATcc > 8:192313/1‑142 (MQ=255) ccccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGc < 7:224354/149‑1 (MQ=255) cccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTa > 3:186889/1‑121 (MQ=255) cccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTa < 4:186889/121‑1 (MQ=255) ccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCa > 3:173857/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCa > 3:96684/1‑149 (MQ=255) aCCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTc > 1:132768/1‑149 (MQ=255) cGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTcgg > 2:165286/1‑149 (MQ=255) cATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTcggcgg < 3:187987/149‑1 (MQ=255) aTGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCggg < 7:320826/149‑1 (MQ=255) ggAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGt > 5:98254/1‑149 (MQ=255) aaGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATg < 8:268899/148‑1 (MQ=255) gATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCt < 4:68658/149‑1 (MQ=255) tCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGc > 6:10041/1‑149 (MQ=255) ttCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTg < 4:173857/144‑1 (MQ=255) ttCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTc > 5:282957/1‑149 (MQ=255) ttCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTc < 1:350760/149‑1 (MQ=255) ttCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGGCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTc < 1:356226/149‑1 (MQ=255) acacTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGCCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTACCACCGGAACCAGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCATGTCGGCCCCCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCACTGCACTCGGc > 4:255387/1‑149 (MQ=255) acTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGcc > 4:125869/1‑148 (MQ=255) tctGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCCTCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGACCCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGGGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAg > 5:287515/1‑149 (MQ=255) tctGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGcc > 1:285702/1‑147 (MQ=255) gTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGc > 4:166406/1‑122 (MQ=255) gTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGc < 3:166406/122‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGcc > 5:74724/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGccc < 2:132768/149‑1 (MQ=255) gcAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATg > 6:44385/1‑149 (MQ=255) ccagcgcgCCGGTGACGATGGGCAACGGCGCGATGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATggg > 6:365233/5‑148 (MQ=38) cgcCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCg < 2:285702/149‑1 (MQ=255) ccGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCa < 6:284814/149‑1 (MQ=255) cATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCCCCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCACATGGGCATTCCGCAGATGATc > 5:306742/1‑148 (MQ=255) tCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATc > 3:32410/1‑146 (MQ=255) tCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCag < 4:32410/149‑1 (MQ=255) gTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCagag < 1:165286/149‑1 (MQ=255) gTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCaga < 5:10041/148‑1 (MQ=255) tCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGc > 2:318194/1‑149 (MQ=255) | GAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGT‑GCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGC > NC_002947/4150389‑4150682 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |