Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 323,872 | G→A | 6.8% | D123D (GAC→GAT) | PP_0267 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 323,872 | 0 | G | A | 6.8% | 173.1 / 2.1 | 59 | D123D (GAC→GAT) | PP_0267 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/27); new base A (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 |
GAGCGGCGACCCGGCTCCGGTGCCTTGCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATCCAGCA > NC_002947/323732‑324014 | gAGCGGCGACCCGGCTCCGGTGCCTTGCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCCCGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGa > 3:294345/1‑148 (MQ=255) ccGGCTCCGGTGCCTTGCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAgg < 8:303109/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCTTGCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAg < 3:275944/148‑1 (MQ=255) gCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTg < 5:241583/148‑1 (MQ=255) aCCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTc > 2:201477/1‑149 (MQ=255) ccTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCg > 4:353700/1‑148 (MQ=255) cTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGaa < 7:50386/149‑1 (MQ=255) tGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAg > 7:237974/1‑149 (MQ=255) ttGCCGATGCCGCCCTGGCTGCCCCGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTTGAGGTCGTTGCTGGCCTCGAAGcc > 7:151181/1‑149 (MQ=255) cGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCgg < 1:144710/149‑1 (MQ=255) gATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGa > 8:265501/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGAt < 4:129168/149‑1 (MQ=255) ccgccCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGc < 7:32220/148‑1 (MQ=255) tGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCAGGGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGaa > 1:220983/1‑114 (MQ=255) tGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGaa < 2:220983/113‑1 (MQ=255) gCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGt < 4:294345/149‑1 (MQ=255) aCGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGt > 2:5780/1‑143 (MQ=255) aCGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGt < 1:5780/143‑1 (MQ=255) ggCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGCTACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACgg < 4:224351/149‑1 (MQ=255) ccATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTAGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGgt > 1:255598/1‑149 (MQ=255) tACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCTgcgc > 6:380489/1‑149 (MQ=255) aagtgCTGAA‑GGGGCCTGCACCACTTCAACCCTATCGATCTTCTGCAGTTCGCCTATCTACTGGCTTTCGACGCGGATACCCTCAAGCAAGAAGTAGATGCTCGCCGCGAAGCCACCGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCTgctc > 4:40183/5‑147 (MQ=255) ccGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGcgccg < 8:237974/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGAAGTTGTGCAGGTCCCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACCCTGTCAAAACGGGTGTCGGcgccg > 1:246484/1‑149 (MQ=255) cGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGcgccgc > 5:229424/1‑149 (MQ=255) cTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCgctg > 2:178136/1‑149 (MQ=255) cccTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGtt > 1:155957/1‑149 (MQ=255) ccTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGgtgt < 7:327311/129‑1 (MQ=255) ccTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGgtgt > 8:327311/1‑129 (MQ=255) cTTCAGCACATCGACCCGCGCGATGTTGGGCTGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTgg < 6:20643/149‑1 (MQ=255) ttCAGCACTTCGACCCGCTCTATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGcgccgc < 8:258500/136‑1 (MQ=255) ttCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGcgccgc > 7:258500/1‑136 (MQ=255) cAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGTGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGATGCTGACGTTGGGGa > 6:194065/1‑149 (MQ=255) cAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTggg < 7:265501/147‑1 (MQ=255) cAGCACTTCGACCCGCTCGATGGTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGGCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTggg < 4:337620/147‑1 (MQ=255) aGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACgg > 4:367657/1‑120 (MQ=255) aGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACgg < 3:367657/120‑1 (MQ=255) gCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCATCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATa > 3:188072/1‑149 (MQ=255) gCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCATCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATa > 3:116014/1‑149 (MQ=255) ttCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTgg > 7:8642/1‑140 (MQ=255) ttCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTgg < 8:8642/140‑1 (MQ=255) cGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTc < 1:201477/148‑1 (MQ=255) cccGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAgc < 7:189085/149‑1 (MQ=255) cccGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCATCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAgc < 4:188072/149‑1 (MQ=255) cccGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCATCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTAGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAgc < 4:116014/149‑1 (MQ=255) tCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCtt > 7:238728/1‑149 (MQ=255) gATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTg < 3:364044/127‑1 (MQ=255) gATGTTGAGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAACTCGTTGCTGGCCTCCAAGCCGCGGATCCGTACGCTCTCAAAACGGGAGTCGGCGCCGCAGCTGACGTTg > 4:364044/1‑127 (MQ=255) ttgtGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGGCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCa < 2:255598/148‑1 (MQ=255) tCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTtgct > 3:50581/1‑149 (MQ=255) gATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCGGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTGCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGt < 6:229424/149‑1 (MQ=255) gTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTc > 2:337741/1‑75 (MQ=255) gTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTc < 1:337741/75‑1 (MQ=255) aCTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATc > 2:33684/1‑148 (MQ=255) cTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGATGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATc > 5:99852/1‑147 (MQ=255) gCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATCCa < 5:380489/146‑1 (MQ=255) gCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATCCAGca > 6:169649/1‑149 (MQ=255) tGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGc < 6:158420/120‑1 (MQ=255) tGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGc > 5:158420/1‑120 (MQ=255) | GAGCGGCGACCCGGCTCCGGTGCCTTGCTGACCCTGTTGACGATGCCGCCCTGGCTGCCACGGCCATACAGTACCGCTGCA‑GGCCCCTTCAGCACTTCGACCCGCTCGATGTTGTGCAGGTCGCGGATGTACTGGCTGTCGTCGCGGATACCGTCCAGGTAGAAGTCGTTGCTGGCCTCGAAGCCGCGGATGCGTACGCTGTCAAAACGGGTGTCGGCGCCGCTGCTGACGTTGGGGATACCCTCCAGCGCCTTGCCCAGCGTGTTGCTGCCGTAATCCAGCA > NC_002947/323732‑324014 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |