Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,279,808 | C→A | 7.0% | A336A (GCC→GCA) | PP_3750 → | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,279,808 | 0 | C | A | 7.0% | 182.7 / 3.8 | 57 | A336A (GCC→GCA) | PP_3750 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base A (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
ACGACTACGACTGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCACGCCGCGA > NC_002947/4279660‑4279954 | acgactacgactGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGcc < 7:272502/149‑1 (MQ=255) cgactGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACt < 8:40086/147‑1 (MQ=255) actGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAg < 5:365053/149‑1 (MQ=255) tgAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCAGTACGGCAGGcgg < 6:110894/149‑3 (MQ=255) tgAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCAGTACGGCAGGcg < 6:32125/148‑2 (MQ=255) gTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGCGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCtt > 8:129273/1‑149 (MQ=255) gCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTg > 6:197987/1‑149 (MQ=255) gCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTg < 6:296397/149‑1 (MQ=255) cGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGc < 3:177822/149‑1 (MQ=255) cAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCtt < 8:145100/149‑1 (MQ=255) cAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCt > 7:145100/1‑148 (MQ=255) ccTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGc > 1:112014/1‑149 (MQ=255) cTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGc > 2:71348/1‑148 (MQ=255) cTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGc > 6:349749/1‑148 (MQ=255) gACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTg < 2:112014/149‑1 (MQ=255) cAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGcc < 3:96789/148‑1 (MQ=255) tCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCTAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTAccc < 5:197987/149‑1 (MQ=255) gACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCct < 1:368258/146‑1 (MQ=255) aCCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTCCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCctgctg > 1:291258/1‑149 (MQ=255) tGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGt < 7:39896/141‑1 (MQ=255) tGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGt > 8:39896/1‑141 (MQ=255) cagccccTCCGTCGGCACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTgg < 8:278889/144‑1 (MQ=255) gTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTg < 3:321085/147‑1 (MQ=255) cTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCt > 5:304927/1‑149 (MQ=255) tACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCtt > 5:195647/1‑149 (MQ=255) tACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCtt > 2:183664/1‑149 (MQ=255) gTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCt > 5:124613/1‑149 (MQ=255) tCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCtt < 1:183664/149‑1 (MQ=255) ccTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGaa < 6:304927/149‑1 (MQ=255) cTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAg < 2:291258/149‑1 (MQ=255) cTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAg > 6:274656/1‑149 (MQ=255) ccAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCa < 2:263583/115‑1 (MQ=255) ccAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCa > 1:263583/1‑115 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTgg > 5:274420/1‑118 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTgg < 6:274420/118‑1 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCAcc > 6:58739/1‑149 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCAcc > 5:360165/1‑149 (MQ=255) aGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCt > 4:227978/1‑148 (MQ=255) cTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTATCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAAc > 6:75004/1‑148 (MQ=255) gctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACaa < 5:274656/147‑1 (MQ=255) gctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAg < 7:129273/148‑1 (MQ=255) ctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGca > 6:187508/1‑149 (MQ=255) ctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGc < 8:147370/148‑1 (MQ=255) ctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGc < 7:328509/148‑1 (MQ=255) tgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGca > 6:171830/1‑148 (MQ=255) cGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTg < 5:224959/122‑1 (MQ=255) cTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCa < 6:195647/149‑1 (MQ=255) ggCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGa < 5:187508/149‑1 (MQ=255) cTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAgg > 4:167975/1‑149 (MQ=255) gCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTCCCACGAGGTCt > 5:336492/1‑148 (MQ=255) ccGTATTATCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTAc < 5:75004/149‑1 (MQ=255) cGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGAAGTGGGCGCTGGCTCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAAAAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTa > 3:236265/1‑147 (MQ=255) gTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAg > 3:146625/1‑149 (MQ=255) gcaagcggCCTGCAGTACGGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCCCCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAgc > 5:243301/8‑149 (MQ=255) aTTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACa > 7:73346/1‑146 (MQ=255) aTTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACa < 8:73346/146‑1 (MQ=255) aagcggCCTGCAGTACGGCAGGCGGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAgcg > 3:114109/6‑148 (MQ=255) cGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCAcgc > 3:305530/1‑149 (MQ=255) ccGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCACGCCGCGa < 6:360165/148‑1 (MQ=255) | ACGACTACGACTGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCACGCCGCGA > NC_002947/4279660‑4279954 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |