| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,331,119 | C→T | 7.5% | R189C (CGC→TGC) | PP_3802 → | cation ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,331,119 | 0 | C | T | 7.5% | 153.6 / 2.5 | 53 | R189C (CGC→TGC) | PP_3802 | cation ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
TGGGGGCACTGTCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGCTCGGCCTGT > NC_002947/4330973‑4331266 | tGGGGGCACTGTCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGgcgc < 3:93764/149‑1 (MQ=255) ggCACTGTCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATAGCAGGTCTGGCGCCAgg > 1:68888/1‑149 (MQ=255) tGTCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTATGGCGCCAGGCCgg > 4:289910/1‑148 (MQ=255) tCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTTCAGGTCTGTCGCCAGGCCGGCAc > 5:301591/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCtgt < 7:200822/149‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCtgtg < 8:256153/149‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCt < 8:136352/146‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCt > 7:136352/1‑146 (MQ=255) cAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGAt < 5:130628/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGAACCCCGAGCCGCAGATGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGAt > 1:208260/1‑149 (MQ=255) aGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATc < 4:235897/149‑1 (MQ=255) gcgcGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCg < 2:361515/149‑1 (MQ=255) gcgTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCTGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGGCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGaa < 4:65797/149‑1 (MQ=255) tgctgGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGAc > 1:185659/1‑149 (MQ=255) gctgGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGATGCCCGAATCCACGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGAcc > 4:226729/1‑149 (MQ=255) ctgGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGTGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCt > 1:361716/1‑149 (MQ=255) ctgGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCt < 7:83544/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTg > 4:1582/1‑148 (MQ=255) ccAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAg > 5:22747/1‑149 (MQ=255) ccTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCgtgt < 4:164527/149‑1 (MQ=255) tGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGTGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTg > 5:143679/1‑149 (MQ=255) gATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTgc > 2:27712/1‑149 (MQ=255) tCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTgcgc < 3:1582/149‑1 (MQ=255) cGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTgg > 5:5844/1‑149 (MQ=255) gCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATNTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCg > 1:34882/1‑148 (MQ=255) ccGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGTGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGa < 6:143679/149‑1 (MQ=255) gCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGAcc < 6:342502/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCggg > 4:139936/1‑149 (MQ=255) ctggtgctggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAAc < 2:185659/149‑1 (MQ=255) ctggtgctggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAAc < 1:36043/149‑1 (MQ=255) ggtgctggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAg > 3:262913/1‑149 (MQ=255) cttgACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGCAGCCGGAACCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCt < 6:301591/146‑1 (MQ=255) ctggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGcc < 4:262913/148‑1 (MQ=255) ctggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCt < 2:68888/149‑1 (MQ=255) ggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGtt < 7:104410/120‑1 (MQ=255) ggACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGtt > 8:104410/1‑120 (MQ=255) cGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAg < 6:22747/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGc > 5:100407/1‑149 (MQ=255) ggCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGACGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTACCAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGt > 4:220674/1‑149 (MQ=255) gCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGtt < 5:69581/149‑1 (MQ=255) tCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGt < 8:145916/139‑1 (MQ=255) tCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGt > 7:145916/1‑139 (MQ=255) tCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGAt > 2:58961/1‑149 (MQ=255) gATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGAt < 1:27712/147‑1 (MQ=255) aGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGcgccgc < 2:208260/149‑1 (MQ=255) gCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCgccgcc > 2:363984/1‑149 (MQ=255) cGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTg > 6:134881/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAg < 2:34882/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAgg > 8:143948/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGTGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCt < 2:361716/149‑1 (MQ=255) ttCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATgcgc < 4:359527/130‑1 (MQ=255) ttCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATgcgc > 3:359527/1‑130 (MQ=255) gTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGc > 3:80659/1‑149 (MQ=255) aGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGTAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGCTc < 3:289910/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTGCCCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGc < 1:191993/141‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGc > 2:191993/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGCTCGGCCTg < 5:134881/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGCTCGGCCTGt > 8:43494/1‑149 (MQ=255) | TGGGGGCACTGTCCGGCGGTGAGCGCCAGCGCGTGCTGCTGGCCCAGGGCCTGATCCCCGAGCCGCAGTTGCTGGTGCTGGACGAACCGATGTCGGCCCTCGATGAAGCCGGAATCCAGGTGTTCGAACAGTTATTGCAGGTCTGGCGCCAGGCCGGCACTACCGTTCTGTGGATCGAACATGACCTGGAAGCCGTGTTGCGCCTGGCGGACCGGGTAACAGGCCTGAACCGACAGGTGCTGTTCGATGCGCCGCCTG‑CCCAGGCCCTAACCCCGGAGCGTCTGCTCGGCCTGT > NC_002947/4330973‑4331266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |