Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,336,541 | A→G | 12.4% | L225P (CTG→CCG) | PP_3811 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,336,541 | 0 | A | G | 12.4% | 68.3 / 2.0 | 35 | L225P (CTG→CCG) | PP_3811 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/13); new base G (2/2); total (20/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
GGGCGGGCGCCACTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTCCCGG > NC_002947/4336429‑4336683 | gggcgggcGCCACTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGCCCCCGCGCCCGGCACTCGGAGCCCACCGCAGCCACACGCCAAGGTTGGCCAGCATGAGCCCGGCCa > 8:246217/1‑149 (MQ=255) cgggcgCCACTCATCCAGAACCGTCACCACTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATACAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCt < 4:206733/149‑1 (MQ=255) ccACTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCGGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTg > 1:360034/1‑149 (MQ=255) ccACTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCGGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTg > 5:51351/1‑149 (MQ=255) cTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCCACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGGCCCCCAGCCCGGCCATCGCAGCCCCCCGCAGCACCGCGCCAGTGTTCGCCCGCCTGCGCCCGGGCCCCTGAAGTGccg > 4:98070/1‑148 (MQ=255) aTCCAGAACCGTCACCAGTTGCTCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGCCCCCCAGCCCGGCAATCGCCGCCCCCCGCAGCAACACGCCATTGTTCGCCCGCGTGCGCCCGGGCCCCGGAAGTCCCgggg > 7:233623/1‑149 (MQ=255) aGAACCGGCACGAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGACCAACGATAAAGGGCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCTCCCGGTCTCCTTAATTGCCTGGGtttt < 7:246217/149‑1 (MQ=255) cAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGCCCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTtgt > 8:26323/1‑149 (MQ=255) gCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACGCCCATCCCGGCAATCGCCGCCCCCCGCCGCCCCACGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGACTGGGTTTTGCGACCGTTGTGGa > 4:27068/1‑147 (MQ=255) gCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTtgtg < 3:27068/145‑1 (MQ=255) cccTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGCCCCCCCTCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGACACTCGCCATTGTTAGCCCGCATGCGCCCGCGCACCGGCATTGCCTGGGTTTTGCCCCCATTCTGGAATTg > 7:294773/1‑149 (MQ=255) cccTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCTCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACGCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTg > 6:346967/1‑149 (MQ=255) ccTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGAGCCCCATCCCGGCCCTCGCAGCCCCCCGCAGCACCTCGCCAGTGTTCGCCCGCATGGGCCCGGGCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCCCCTTTGTGGAATTGc > 1:325928/1‑149 (MQ=255) cAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCCGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGAGCCCGGTCACCTGCATTGCCTGGGTGTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGc > 8:259739/1‑148 (MQ=255) cTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGcc < 5:90202/149‑1 (MQ=255) gCCGAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCAc < 1:229047/137‑1 (MQ=255) aaCGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGCCCCCCATCCCGGCACTCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCCTTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAAt > 4:166246/1‑149 (MQ=255) aaaGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCGGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCAt < 2:360034/149‑1 (MQ=255) aaGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCGGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCAt < 6:51351/148‑1 (MQ=255) aGGTCGGCAGGTAAGTGACCACCATCCCGGCAATCGCAGCCCCACGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATaa < 8:294773/149‑1 (MQ=255) gTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTTTGGAATTGACACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAagg > 3:264639/1‑149 (MQ=255) gTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCCGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAAt > 2:332851/1‑149 (MQ=255) aGTGACCCCCCGCCCGGCCATCGCCGCCCCCCGCCGCAACGCGCCATTGTTCGCCCGCAGGCGCCCGGTCACCTGAAGTGCCTGGGTTTTGCGCCCTGTGTGGCATTGCCACTGCACCTGCCGCGCATGCCCCTACggccggcaggcat > 8:116127/1‑144 (MQ=255) ccccATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCgcgg > 4:238439/1‑149 (MQ=255) cATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGa < 3:238439/149‑1 (MQ=255) aTCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAg < 5:269449/149‑1 (MQ=255) ccGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATgcgc > 7:64092/1‑140 (MQ=255) ccGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATgcgc < 8:64092/140‑1 (MQ=255) cAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATcc < 2:325928/149‑1 (MQ=255) tCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGt < 7:26323/149‑1 (MQ=255) cAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGtttt > 8:97576/1‑149 (MQ=255) gCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTcc < 3:98070/149‑1 (MQ=255) gCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTcc < 1:332851/149‑1 (MQ=255) cccccGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTCCCg > 6:5349/1‑149 (MQ=255) ccccGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGACACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCAATAAGGCAGGCAATCATGAGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTCCCgg > 5:203369/1‑149 (MQ=255) | GGGCGGGCGCCACTCATCCAGAACCGTCACCAGTTGCCCCTCCGCCAACGCCTGCCCAACGATAAAGGTCGGCAGGTAAGTGACCCCCATCCCGGCAATCGCAGCCCCCCGCAGCAACTCGCCATTGTTCGCCCGCATGCGCCCGGTCACCTGAATTGCCTGGGTTTTGCCACCTTTGTGGAATTGCCACTGCACCTGCCGCGAATGCCCATAAGGCAGGCAATCATGCGCGGCGAGCTCATCCGGTTTTCCCGG > NC_002947/4336429‑4336683 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |