| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 79.2% | 59.7 / 11.1 | 24 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/0); new base C (8/11); total (13/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑A‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGG > NC_002947/1126503‑1126781 | gggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCCCGCATGCGGAGGTATAGCCACCAACGCCTTAG‑C‑CGGT‑a‑aaacccc > 2:20724/1‑143 (MQ=255) cgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTTAACC‑CGCATTCGGGGGGTTAGCCCCCATAGCATTAGCC‑GGGT‑A‑AC‑CCGCGcc > 1:106327/1‑147 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACACCGAAATCGGAGGGTTATCCCACAACGCATTAGCC‑GGGA‑A‑AA‑CCCCACCGacac > 6:63431/1‑147 (MQ=255) gatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTTTAGCCACCCTCGCCATAG‑CGGGGT‑A‑AC‑CCCCTCCGACACaga > 3:32565/1‑148 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGCGGTTTAGCCACCATCGCAATAG‑C‑GGGG‑ACAC‑CCCCTGCGACACAGAGcccccccccccaccc > 7:50523/1‑143 (MQ=255) aTGGGGACCGCCTGCCCGGGTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATGCG‑C‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAggg < 3:68795/148‑1 (MQ=37) gACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGCAAGCGGAGGTTTAGCCCCCATCGCATTAG‑C‑GGGT‑A‑AACCCCCGCCTACACAGAGCCCGCCCCCCCACCCCGGTGGCGGGGCGGGCTATc > 3:153522/1‑148 (MQ=255) cctcctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAAACCCCAATTCGGAGGTATAAACACCAACGCAATAG‑C‑CGGT‑A‑AACCCCCACCAAAAAAAAGCCCCCCACCCAACCCACCTGGCGGGGACGGCTAtaac > 6:67157/1‑145 (MQ=255) 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8:24023/147‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCG‑C‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACACg > 7:98087/1‑148 (MQ=255) accaTCGGATTCG‑G‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACTGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 5:95583/148‑1 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑C‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc > 8:10242/1‑148 (MQ=255) aTTCG‑C‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGCCcggc > 5:116801/1‑148 (MQ=255) ttCG‑C‑GGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg > 3:51416/1‑148 (MQ=255) g‑c‑gGGT‑A‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg > 8:117029/1‑146 (MQ=255) | GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑A‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGG > NC_002947/1126503‑1126781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |