Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,953,938 | Δ1 bp | 7.1% | coding (585/1977 nt) | PP_5606 ← | YVTN beta‑propeller repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,953,938 | 0 | C | . | 7.1% | 181.3 / 7.4 | 56 | coding (585/1977 nt) | PP_5606 | YVTN beta‑propeller repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/23); new base . (2/2); total (31/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
ATCACTGTTACCCCACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACTG > NC_002947/3953798‑3954083 | aTCACTGTTACCCCACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGAc < 8:86385/149‑1 (MQ=255) aTCACTGTTACCCCACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGAc > 3:288798/1‑149 (MQ=255) cccACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCt > 4:116840/1‑149 (MQ=255) cACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCAc > 6:9035/1‑130 (MQ=255) cACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCAc < 5:9035/130‑1 (MQ=255) ggCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATc < 4:327587/148‑1 (MQ=255) gCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGa > 2:379219/1‑149 (MQ=255) tgctgTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAAcc > 8:317182/1‑149 (MQ=255) gctgTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCt > 4:184941/1‑149 (MQ=255) ccAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTgtcgtc > 8:350457/1‑149 (MQ=255) aaCCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGc > 1:38847/1‑149 (MQ=255) ccGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCAc < 8:88877/90‑1 (MQ=255) ccGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCAc > 7:88877/1‑90 (MQ=255) gATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGgccgcc < 4:288798/149‑1 (MQ=255) tGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCa < 3:184941/149‑1 (MQ=255) cTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGt < 2:38847/149‑1 (MQ=255) tGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTc > 6:75042/1‑149 (MQ=255) tGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCAGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTc > 4:322588/1‑149 (MQ=255) ggTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTc > 6:230169/1‑148 (MQ=255) ggTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTc > 7:117377/1‑148 (MQ=255) gTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTAAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGt > 5:270758/1‑146 (MQ=255) gTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTAAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGt < 6:270758/146‑1 (MQ=255) tCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCAt > 7:42145/1‑149 (MQ=255) cGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATgg < 6:234055/149‑1 (MQ=255) cGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATg < 3:116840/148‑1 (MQ=255) ggCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATggg < 7:350457/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCtggtgg > 2:324840/1‑129 (MQ=255) gCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGgccgc > 6:184427/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGgccgc > 7:308427/1‑149 (MQ=255) aGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGccc < 5:75042/149‑1 (MQ=255) gCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTGCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTgg < 5:85638/149‑1 (MQ=255) ccACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTgg > 4:322258/1‑148 (MQ=255) gcgcAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCt < 8:42145/149‑1 (MQ=255) cgcAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTc < 8:308427/149‑1 (MQ=255) gcAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTc > 1:376116/1‑148 (MQ=255) cgaccTGGACGCCGGCGACCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATg > 8:106812/5‑149 (MQ=255) cGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATgc < 3:311477/149‑1 (MQ=255) accTGGACGCCGGCGACCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGTGCCGCCCTGGCAGCTCGATgcg > 3:130783/3‑149 (MQ=255) gCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATgcgc < 7:317182/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCAc > 4:137282/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCAc > 3:110919/1‑149 (MQ=255) ccgagcgGGGCAAGGTCTCGGTGATCGAT‑ACCGAAACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGccccc > 4:257293/5‑148 (MQ=38) ccgagcgGGGCAAGGTCTCGGTGATCGAT‑ACCGAAACCTTCACCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGccccc > 6:164534/5‑148 (MQ=37) gAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTg > 4:298802/1‑127 (MQ=255) gAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTg < 3:298802/127‑1 (MQ=255) gTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCTCCACCGACACCGTCgg > 1:46799/1‑149 (MQ=255) tCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGt < 4:110919/148‑1 (MQ=255) tCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGt < 5:184427/148‑1 (MQ=255) ggtgaTCGAT‑ACCGAAACCTTCACCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGt < 5:164534/142‑1 (MQ=255) gtgaTCGAT‑ACCGAAACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGAt < 3:257293/146‑1 (MQ=255) aTCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGCCACGcccc > 7:316521/1‑125 (MQ=255) aTCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGCCACGcccc < 8:316521/125‑1 (MQ=255) cGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTAACGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACt > 1:30136/1‑149 (MQ=255) gATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACTg < 3:137282/149‑1 (MQ=255) tCACCGTGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACt < 3:67657/146‑1 (MQ=255) tCACCGTGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACt > 4:67657/1‑146 (MQ=255) | ATCACTGTTACCCCACCTTTGGCCGGGTCGCTGCTGTTGTTGCCAACCCACAGCCGATGCTGGTCCGGCTGCAGGGCCACGCGCAGCGGCTGGTCGCCGGCGTCCAGGTCGGCCACGCGGGTGAAGGTTTCGGT‑ATCGATCACCGAGACCTTGCCCCGCTCGGGTATCGACACGAAAACCTGCTTGTCGTCGCTGGTGGCCGCCCAGTCCATGGGCCGCCCTGGCAGCTCGATGCGCGCCATGGTGCTGGTCACGCCCCCCACCGACACCGTCGGGTCGATCACTG > NC_002947/3953798‑3954083 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |