| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,585,320 | Δ1 bp | 6.8% | coding (264/1986 nt) | glgE ← | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,585,320 | 0 | G | . | 6.8% | 190.5 / 7.0 | 59 | coding (264/1986 nt) | glgE | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/27); new base . (2/2); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CCAGCATCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCT > NC_002947/4585172‑4585463 | ccAGCATCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCTTCGCCGTCGTTGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTTGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCg < 4:136657/149‑1 (MQ=255)ccAGCATCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCg > 3:240591/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGc < 5:133566/149‑1 (MQ=255) tCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGc < 1:95073/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGc > 1:336114/1‑148 (MQ=255) aaGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCca < 3:311862/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTCTTCCAGTTCCAGGTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAg < 4:106512/149‑1 (MQ=255) cttcCCGCTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGCTCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGGCGCTCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTg < 4:100064/149‑1 (MQ=255) tccagttccagtTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAAGAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGcc > 2:195923/1‑149 (MQ=255) ccagttccagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTg < 7:316452/146‑1 (MQ=255) agttccagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTGCTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCccgc > 1:203008/1‑149 (MQ=255) ttccagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCccgccg > 5:85294/1‑149 (MQ=255) ttccagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCccgcc > 5:79784/1‑148 (MQ=255) cagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCg > 2:292562/1‑121 (MQ=255) cagttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCg < 1:292562/121‑1 (MQ=255) agttTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTg < 8:207186/149‑1 (MQ=255) cTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGATTTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCCCCGCCTGCATCGGCa > 8:310498/1‑149 (MQ=255) cTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCa > 8:250298/1‑149 (MQ=255) cttcttCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCgg < 2:336114/148‑1 (MQ=255) ttctCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCtgtg > 5:363663/1‑149 (MQ=255) ctcCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCtgt < 6:85294/146‑1 (MQ=255) ctcCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCtgt < 6:79784/146‑1 (MQ=255) tcCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTC‑GCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGcc > 2:355233/1‑149 (MQ=255) tcCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTC‑GCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGcc > 2:360897/1‑149 (MQ=255) cAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCt > 6:167166/1‑149 (MQ=255) gATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTgg < 2:203008/149‑1 (MQ=255) ggCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAg > 7:260450/1‑149 (MQ=255) gCAATAGGTGGCAATCGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGt < 7:310498/149‑1 (MQ=255) aTAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGa < 4:357192/149‑1 (MQ=255) ggCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCa > 8:20992/1‑149 (MQ=255) gCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGCGGGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCa > 1:263977/1‑149 (MQ=255) cAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCAcc < 4:240591/149‑1 (MQ=255) aaaCGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCg > 7:13167/1‑149 (MQ=255) aaaCGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCg > 6:172729/1‑149 (MQ=255) gggTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGTCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAg > 6:156678/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCa < 1:344762/124‑1 (MQ=255) tCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCa > 2:344762/1‑124 (MQ=255) tCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTC‑GCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGt < 1:360897/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTC‑GCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGt < 1:355233/149‑1 (MQ=255) aGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTgg > 4:292591/1‑149 (MQ=255) ggCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTg < 8:243862/124‑1 (MQ=255) ggCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTg > 7:243862/1‑124 (MQ=255) gCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCAGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGcc > 4:145851/1‑149 (MQ=255) cTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGt > 3:71657/1‑149 (MQ=255) aCTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTGGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGGATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCGAGTTGAGCATCACCGCCCGGCGGGCGTGGCCGgcgcggg > 8:227005/1‑146 (MQ=255) cTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTa < 7:227005/149‑1 (MQ=255) gAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAgg > 7:348392/1‑149 (MQ=255) ggTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTg < 7:250298/149‑1 (MQ=255) gC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTg < 8:260450/149‑1 (MQ=255) gggCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGa < 4:159014/103‑1 (MQ=255) gggCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGa > 3:159014/1‑103 (MQ=255) 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gTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAgg > 7:295717/1‑143 (MQ=255) gTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAgg < 8:295717/143‑1 (MQ=255) gTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGcc > 8:238527/1‑149 (MQ=255) gTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGcc < 3:292591/149‑1 (MQ=255) aaTTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCt < 1:195923/149‑1 (MQ=255) aTTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTc < 6:141374/100‑1 (MQ=255) aTTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTc > 5:141374/1‑100 (MQ=255) | CCAGCATCAAGCGGCCTTCTTCCAGTTCCAGTTTTACCTCGACGCCGGCGTGGTACTTCTTCTCCAGATCGTGGCAATAGGTGGCAAACGGGTCGATCCAGGCCTCGATACTGAACCGGTGC‑GGGCCCAGCTCGGTGGGGGTGAATTCGGCCTGCCACAGGTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCT > NC_002947/4585172‑4585463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |