| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,827 | Δ1 bp | 11.5% | intergenic (‑77/+52) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,827 | 0 | T | . | 11.5% | 127.1 / 15.0 | 52 | intergenic (‑77/+52) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/21); new base . (4/2); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
GTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCG > NC_002947/337679‑337975 | gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt < 7:350425/149‑1 (MQ=255)gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt > 7:86761/1‑149 (MQ=255) gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGgcgc > 1:9068/1‑149 (MQ=255) 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ttAGGGGGGGGCTGGGGAGGGGGTGGGGCA‑TGGCACGGATGGGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagt < 5:366113/149‑1 (MQ=37) gggggCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAACGCC‑ACATTCAAGGTTGGAGCTAAACAAGTGGGAGAGGGCGTGCCCGCGAAGcagtcagt > 7:53964/1‑147 (MQ=38) ggggCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGCC‑ACATTCACGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg < 1:120201/149‑1 (MQ=255) ggCTGGGGAGGGGGTTGGGCA‑TGCCACGGAGGGGGGGGGGTTTGGAGGCCCTC‑TTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACTGGTATAGCGCA‑ACATTCACGGTGGGCGCTACCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 6:226872/135‑1 (MQ=21) gAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 4:106532/107‑1 (MQ=255) gAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 3:106532/1‑107 (MQ=255) 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tGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCca < 7:268655/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcagca > 6:186248/1‑149 (MQ=255) ccTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCCGCGGCCTTGGCAGGCCTCCCCGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCtt > 7:77239/1‑149 (MQ=255) tgc‑tTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCCGTCAGGGAGGTCTCCGCGGCCTTGGCAGGCCTCCACGCGCCACCAGCGCTCCAGCCGCGTg > 5:131280/3‑149 (MQ=14) cgcgGGAACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 5:369247/146‑1 (MQ=255) 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ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 1:41281/1‑148 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 7:254508/1‑148 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 6:244747/1‑148 (MQ=255) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTg > 4:140418/1‑133 (MQ=21) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTg < 3:140418/133‑1 (MQ=21) caGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTGGGCGCTACACCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 2:257139/149‑1 (MQ=255) cgcC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt < 5:188604/149‑1 (MQ=255) cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 2:294765/1‑146 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 4:285655/110‑1 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa > 3:285655/1‑110 (MQ=255) aGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGa < 4:140689/105‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGa > 3:140689/1‑105 (MQ=255) aGGGTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCt < 8:86761/149‑1 (MQ=255) ttGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCGGGTAGAACACGCCTgcg > 5:31850/1‑149 (MQ=255) | GTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCA‑TGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTC‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCG > NC_002947/337679‑337975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |