| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 344,041 | Δ1 bp | 5.3% | intergenic (+130/+59) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,041 | 0 | A | . | 5.3% | 240.2 / 6.6 | 76 | intergenic (+130/+59) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/34); new base . (2/2); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
CCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343895‑344188 | ccATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCAc > 7:215511/1‑148 (MQ=255) gACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCAAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCTCAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGt < 1:111536/149‑1 (MQ=255) gACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTCCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGt < 8:141548/149‑1 (MQ=255) gTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 1:156109/1‑149 (MQ=255) gTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 6:366545/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGTTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttg < 2:360766/148‑1 (MQ=255) aGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt < 2:156109/148‑1 (MQ=255) aGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt < 1:48542/148‑1 (MQ=255) 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8:81575/147‑1 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAATAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCaa > 5:361889/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGc < 6:119609/147‑1 (MQ=255) cTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAaccac < 8:279562/149‑1 (MQ=255) gTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAg > 1:22355/1‑149 (MQ=255) tttCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCgg < 1:29526/126‑1 (MQ=255) 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gATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAg > 2:170481/1‑149 (MQ=255) gCATGGCTAGCCTTCAGTTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAggtg < 4:324330/148‑1 (MQ=255) aTGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGaa > 7:233477/1‑142 (MQ=255) aTGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGaa < 8:233477/142‑1 (MQ=255) gCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGcc < 6:236725/148‑1 (MQ=255) gCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCagag < 1:170481/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGa < 2:22355/148‑1 (MQ=255) aGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGAGCCCAGAGACGGa < 6:139257/148‑1 (MQ=255) gTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTc > 2:354752/1‑149 (MQ=255) gCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAg < 5:96845/115‑1 (MQ=255) gCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAg > 6:96845/1‑115 (MQ=255) 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tcGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGc > 8:120371/1‑119 (MQ=255) cGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGATCCGCCGACACgcg > 4:104052/1‑146 (MQ=255) cGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAg > 4:98854/1‑148 (MQ=255) cGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAg > 7:50279/1‑148 (MQ=255) cGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAg > 8:145037/1‑148 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTc > 3:103912/1‑148 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTc > 8:25496/1‑148 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTc > 4:302572/1‑148 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTc > 1:278138/1‑148 (MQ=255) gACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc < 7:6943/149‑1 (MQ=255) gccTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCTCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGc > 1:368593/1‑149 (MQ=255) gccTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCTCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGc > 1:374371/1‑149 (MQ=255) cTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGctc > 5:234275/1‑149 (MQ=255) cTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTGAAAATCctc < 5:91420/144‑1 (MQ=255) cTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTGAAAATCctc > 6:91420/1‑144 (MQ=255) 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cccGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGt > 6:56979/1‑148 (MQ=255) cACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAAtt < 8:50279/149‑1 (MQ=255) | CCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAA‑ACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343895‑344188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |