Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,795,651 | Δ1 bp | 100% | coding (464/504 nt) | PP_1600 → | Skp‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,795,651 | 0 | T | . | 100.0% | 152.7 / NA | 34 | coding (464/504 nt) | PP_1600 | Skp‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (17/17); total (17/17) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACATCACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTGCAGG > NC_002947/1795518‑1795792 | gTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATc < 8:250560/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCaa < 1:324905/140‑1 (MQ=255) gCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCaa > 2:324905/1‑140 (MQ=255) cTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAgc < 3:68416/149‑1 (MQ=255) aTCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCa > 6:242681/1‑149 (MQ=255) cgcgACATGCTTAAGCAACTGAAGGCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCAt < 7:272313/148‑1 (MQ=255) aaGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGCCCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGt > 3:151383/1‑149 (MQ=255) aaCTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGat < 8:181048/149‑1 (MQ=255) tGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CAGCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGatat > 5:326628/1‑148 (MQ=255) gTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCt < 3:75141/148‑1 (MQ=255) tGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGtgtg > 6:14165/1‑133 (MQ=255) tGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGtgtg < 5:14165/133‑1 (MQ=255) gTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGc < 3:192938/147‑1 (MQ=255) gTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGc > 4:192938/1‑147 (MQ=255) tCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGtt > 5:48221/1‑119 (MQ=255) tCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGtt < 6:48221/119‑1 (MQ=255) gTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCAAAGTCATCGAGCGCATGTACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGcc > 8:331614/1‑147 (MQ=255) tCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATGCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAgg > 1:274859/1‑148 (MQ=255) aagacgGGCGGCTAAGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTAc < 8:246256/148‑1 (MQ=255) gggCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAg < 2:11750/149‑1 (MQ=255) gcggcTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGCCA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGCCGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGgcgc > 4:321277/1‑148 (MQ=255) aCCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAg < 5:242681/149‑1 (MQ=255) ccTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGt > 7:79470/1‑62 (MQ=255) ccTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGt < 8:79470/62‑1 (MQ=255) gTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGc < 2:274859/148‑1 (MQ=255) gAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAgg < 4:151383/148‑1 (MQ=255) gTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTAc > 6:5764/1‑149 (MQ=255) gTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAAATTAc > 3:126953/1‑149 (MQ=255) gTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAg < 6:221375/126‑1 (MQ=255) gTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAg > 5:221375/1‑126 (MQ=255) cTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTAGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTg > 6:174560/1‑149 (MQ=255) gTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGAGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCGGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGCGATGGCCACCTTCCagg > 6:161427/1‑149 (MQ=255) aCGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTc > 2:36498/1‑101 (MQ=255) aCGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTc < 1:36498/101‑1 (MQ=255) | GTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCAT‑CGATGTCAAACCTCAGTACGACATCACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTGCAGG > NC_002947/1795518‑1795792 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |