| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,819,795:1 | +A | 7.4% | intergenic (+32/‑443) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,819,795 | 1 | . | A | 7.4% | 336.6 / 15.4 | 81 | intergenic (+32/‑443) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (43/32); new base A (4/2); total (47/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
CTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCGG > NC_002947/1819650‑1819942 | cTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCg > 3:349599/1‑149 (MQ=255) tGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCgg > 6:381672/1‑149 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCggg < 5:29096/148‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCggg < 4:53309/148‑1 (MQ=255) gaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCg > 3:325713/1‑149 (MQ=255) ggCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGtttt > 3:3791/1‑149 (MQ=255) ggCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGtatt > 8:128334/1‑149 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGttttt > 4:21036/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCGGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTgcg > 2:315804/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTgcg > 2:6000/1‑149 (MQ=255) gCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGTGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGt > 6:50192/1‑149 (MQ=255) cAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGtt < 6:52138/149‑1 (MQ=255) aaTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgc < 4:349599/149‑1 (MQ=255) aTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgcg > 4:259147/1‑149 (MQ=255) cAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGcgcg > 8:327436/1‑148 (MQ=255) gTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTtgtg < 1:7375/120‑1 (MQ=255) gTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTtgtg > 2:7375/1‑120 (MQ=255) ggAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGc < 1:105640/128‑1 (MQ=255) ggAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGc > 2:105640/1‑128 (MQ=255) ggAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGCAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGTGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATgcg > 8:334004/1‑149 (MQ=255) aGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTgcgc < 3:67151/120‑1 (MQ=255) aGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTgcgc > 4:67151/1‑120 (MQ=255) cTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCgg < 5:321136/99‑1 (MQ=255) cTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCgg > 6:321136/1‑99 (MQ=255) cTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAAccc > 6:260491/1‑148 (MQ=255) aGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGt < 8:321236/133‑1 (MQ=255) aGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGt > 7:321236/1‑133 (MQ=255) gcgcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATgcg > 3:301736/1‑137 (MQ=255) gcgcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATgcg < 4:301736/137‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgt > 7:150607/1‑149 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggtg < 4:325713/149‑1 (MQ=255) gagaTCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGCGCGCCATGCCTGgcgc > 7:149757/1‑113 (MQ=255) gagaTCCTTGAAAAGAATGCTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGCGCGCCATGCCTGgcgc < 8:149757/113‑1 (MQ=255) aTCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CACCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGAGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGcc > 5:305509/1‑147 (MQ=255) aaaaGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCGAAGTGGGTg > 1:331327/1‑149 (MQ=255) aTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTgg < 5:50192/149‑1 (MQ=255) gTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCtt > 8:204755/1‑118 (MQ=255) 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cAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCa < 4:64058/77‑1 (MQ=255) cAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCa > 3:64058/1‑77 (MQ=255) gTCATTGTTCCGGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctct < 1:315804/149‑1 (MQ=255) gTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGGGAAAGTCCTCTa > 8:352461/1‑149 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca > 5:60767/1‑148 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca < 4:281085/148‑1 (MQ=255) aTTGTTCCAGCAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGTGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacac < 7:334004/149‑1 (MQ=255) ttGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAg > 8:219779/1‑138 (MQ=255) ttGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAg < 7:219779/138‑1 (MQ=255) ttCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACAcc < 8:150607/148‑1 (MQ=255) ttCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACAcc < 3:126785/148‑1 (MQ=255) cAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCgg > 8:257796/1‑148 (MQ=255) gctagcGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAggg > 6:20921/1‑149 (MQ=255) gctagcGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgg < 4:3791/148‑1 (MQ=255) agcGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 5:170357/1‑147 (MQ=255) gcTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtg > 4:122962/1‑149 (MQ=255) cTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGa < 1:140499/112‑1 (MQ=255) cTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGa > 2:140499/1‑112 (MQ=255) tGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATG‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGGACCAGGCATGGCCCGTTGCGCGTATGCGCAACCCCCTTGGTTGTGGTGGCCAGGTGGGTGACTTGGAGGGGAAGGTCGTCTAAACACCCGGCAAGGGGAAGTGtt > 1:268433/1‑149 (MQ=17) gcacacaaaaaCG‑CCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt > 1:216510/7‑147 (MQ=11) tAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGtt < 7:257796/147‑1 (MQ=255) tAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg > 7:80126/1‑149 (MQ=255) 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aaaaaaCG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCgg < 3:122962/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 4:203044/1‑148 (MQ=255) aaaaaaCG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTCGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 4:129774/1‑148 (MQ=255) aaaaaaCG‑CCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGaa < 7:39758/138‑1 (MQ=11) aaaaaCG‑CCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTa < 2:186063/143‑1 (MQ=11) aaaaaCG‑CCCC‑GAGATCACCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAACTGTTAgaga > 1:186063/1‑144 (MQ=11) ccccGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 5:381672/149‑1 (MQ=255) ccGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc > 4:349836/1‑136 (MQ=255) ccGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc < 3:349836/136‑1 (MQ=255) ccGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc < 3:344218/136‑1 (MQ=255) ccGGTGAGC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc > 4:344218/1‑136 (MQ=255) c‑tcGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCgg < 6:60767/148‑1 (MQ=34) | CTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACG‑CCCCGGTGATC‑TCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCGG > NC_002947/1819650‑1819942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |