| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,143,433:1 | +A | 8.1% | coding (357/1539 nt) | rbsA‑II → | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,143,433 | 1 | . | A | 8.1% | 239.5 / 16.6 | 62 | coding (357/1539 nt) | rbsA‑II | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (28/29); new base A (2/3); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
GCATTTCAGCCCGCGCCAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTGGTGTTCGA > NC_002947/3143286‑3143576 | gCATTTCAGCCCGCGCCAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCagcag‑c > 4:356481/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCGCCAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAgg < 2:87048/148‑1 (MQ=255) cccGCGCCAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCcg > 6:220306/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTc > 3:306094/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGga > 4:45812/1‑149 (MQ=255) gcggCTTGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAGACGCGCGGCCTCGCG‑ctgctgagag < 6:267452/149‑5 (MQ=255) cATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGactact > 5:317890/1‑146 (MQ=255) cATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGactact < 6:317890/146‑1 (MQ=255) aTTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCgg > 8:228575/1‑149 (MQ=255) ggCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTc < 3:85680/127‑1 (MQ=255) ggCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTc > 4:85680/1‑127 (MQ=255) tcTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACGGTGTGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAGACGCGCGGCCTCGCG‑ctgctgagag < 8:194169/134‑5 (MQ=255) gCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAGACGCGCGGCCTCGCG‑ctgctgagag > 7:194169/1‑131 (MQ=255) cTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCGCCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGc > 6:255240/1‑149 (MQ=255) cTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTCGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGc > 4:207238/1‑149 (MQ=255) caccaGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGcc < 3:160715/149‑1 (MQ=255) caGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGc < 3:356481/149‑1 (MQ=255) caGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGc > 6:339226/1‑149 (MQ=255) aGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAg > 2:251594/1‑104 (MQ=255) aGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAg < 1:251594/104‑1 (MQ=255) 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ttgCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGa < 4:61642/148‑1 (MQ=255) ccGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCgg < 4:306094/149‑1 (MQ=255) cGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGt > 8:255645/1‑149 (MQ=255) ccGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAAc > 5:78816/1‑149 (MQ=255) tttCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACt > 8:31187/1‑147 (MQ=255) ggTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGa < 2:316118/149‑1 (MQ=255) gAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGc > 5:231957/1‑148 (MQ=255) aaGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGCTCAGTTCACCGATCAgcgcattcgc < 8:360881/148‑7 (MQ=255) aGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAAc < 6:231957/149‑1 (MQ=255) ttGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAGACGCGCGGCCTCGCG‑ctgctgaga > 6:114186/1‑78 (MQ=25) ttGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAGACGCGCGGCCTCGCG‑ctgctgaga < 5:114186/81‑4 (MQ=25) gTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATgg > 1:331209/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATgg > 6:254123/1‑149 (MQ=255) cttcGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTg < 5:255240/148‑1 (MQ=255) cttcGGCCATGAACGGCGATTCGGACCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAg > 8:179242/1‑136 (MQ=255) cttcGGCCATGAACGGCGATTCGGACCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAg < 7:179242/136‑1 (MQ=255) ttcGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGagca > 3:344342/1‑127 (MQ=255) ttcGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGagca < 4:344342/127‑1 (MQ=255) ggCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑AGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTg > 1:89203/1‑144 (MQ=255) aaCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGag < 3:119066/115‑1 (MQ=255) aaCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGag > 4:119066/1‑115 (MQ=255) aCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGaa < 5:316808/109‑1 (MQ=255) aCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGaa > 6:316808/1‑109 (MQ=255) aCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCa > 5:100378/1‑138 (MQ=255) aCGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCa < 6:100378/138‑1 (MQ=255) ggCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCcgcgcg > 2:357652/1‑149 (MQ=255) gCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCa < 2:331209/149‑1 (MQ=255) gCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACcgc > 1:252533/1‑149 (MQ=255) cTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACcgc < 8:107359/148‑1 (MQ=255) gATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCgt < 7:255645/147‑1 (MQ=255) gATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCgt < 5:220306/147‑1 (MQ=255) tCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGc < 6:78816/149‑1 (MQ=255) cgcTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCcgc < 6:321349/120‑1 (MQ=255) cgcTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCcgc > 5:321349/1‑120 (MQ=255) cgcTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTGgt < 5:339226/149‑1 (MQ=255) cgcTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCAGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTGgt > 4:359217/1‑149 (MQ=255) tcAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTg < 6:138005/142‑1 (MQ=255) tcAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTg > 5:138005/1‑142 (MQ=255) agcag‑cGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTGGTGTTcga < 2:228525/148‑1 (MQ=255) | GCATTTCAGCCCGCGCCAGGTGGAGCGCCTGGGCATTGGCTTCATCCACCAGGAACGCTTGTTGCCGGCCCGTTTCACCGTGGGTGAAGCCTTGTTCTTCGGCCATGAACGGCGATTCGGGCCCTTGCTCGATCGCCGCTCTCAGCAG‑CGCGAGGCCGCGCGTCTGCTGGACGACTACTTCGGCCTGCGACTGCCGGCGAATGCGCTGATCGGTGAACTGAGCAGCGCCGAGCAACAGATGGTGCAGATCGTCCGCGCGCTGCTGATCAAACCGCGTGTGCTGGTGTTCGA > NC_002947/3143286‑3143576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |