| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5870261 = | 34 (0.580) | 5 (0.110) | 5/198 | NT | 18.1% | intergenic (+22/+112) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
| ? | NC_002947 | 5870354 = | 19 (0.420) | intergenic (+115/+19) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator | |||||
AGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCG > NC_002947/5870114‑5870408 | gccaaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccg < 5:201329‑M1/1‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 4:283399‑M1/3‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 4:144277‑M1/3‑1 (MQ=255) cagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACTGTGCTGATTGTGGTTGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTGGGGCCTTTTGGCGGGGATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCct < 5:55208/149‑1 (MQ=255) gaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCctct > 4:137406‑M1/143‑149 (MQ=255) ctgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcg > 1:144190‑M1/140‑149 (MQ=255) cGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGTGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTcgcg < 4:288470/148‑1 (MQ=255) ctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcgc > 3:144277‑M1/137‑147 (MQ=255) ggACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGt > 2:49109/1‑149 (MQ=255) gACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGt > 2:156260/1‑148 (MQ=255) gaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AAc < 6:194443‑M1/19‑1 (MQ=255) ggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaacactgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑aacac < 4:69392‑M1/21‑3 (MQ=255) gccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AAACCg < 7:441‑M1/22‑1 (MQ=255) 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1:270287/147‑2 (MQ=25) tCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑TAACCGCGGCTAACACCGCCGGGGTCCAAccc > 5:228410/1‑148 (MQ=255) ggggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGACGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCt > 2:111162/1‑124 (MQ=255) ggggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGACGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGGG‑AACCCGCTCCt < 1:111162/124‑1 (MQ=255) ccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAAccc < 8:338949‑M1/48‑1 (MQ=255) gCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAtgt < 1:49109/149‑1 (MQ=255) aaaGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGTGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAtgtgt > 8:108896/1‑149 (MQ=255) gcggcTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGTATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAtgt > 6:183291/1‑143 (MQ=255) gcggcTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGTATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAtgt < 5:183291/143‑1 (MQ=255) tgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGt < 1:6189‑M1/15‑1 (MQ=255) tgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGt > 2:6189‑M1/88‑102 (MQ=255) tgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AAcc > 4:365222‑M1/88‑107 (MQ=255) tgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AAcc < 3:365222‑M1/20‑1 (MQ=255) gcgcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGc > 6:114235/1‑111 (MQ=255) gcgcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGc < 5:114235/111‑1 (MQ=255) ctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCg > 7:338949‑M1/77‑149 (MQ=255) cAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGTGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGt < 7:108896/149‑1 (MQ=255) aagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCt > 8:261414‑M1/74‑100 (MQ=255) 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ttttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTc < 6:308300/139‑1 (MQ=255) ttttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTc > 5:308300/1‑139 (MQ=255) ttttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCcgcg > 8:289546/1‑146 (MQ=255) ttGGGGTGCATTTGGGTGAAATTTATTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTGTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTACTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCATATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTc < 2:18734/137‑1 (MQ=37) ttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGAGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTACAACCCCAGATGTGTGTACTTGGTAGGAGCGGGTTc > 1:18734/1‑137 (MQ=255) aaaTTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCGGCGACAACGGCCAGGGTCCAACCCCCGATGGGGGTACGTGGTAGGTGCGGTGTGCCCCGCGAAGAGGACGGCCCaaaacggat > 2:121915/1‑142 (MQ=25) aGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCt < 7:289546/148‑1 (MQ=255) aGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCGCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTc > 1:16233/1‑149 (MQ=255) gttgGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAAcccc < 3:188545/80‑1 (MQ=255) gttgGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAAcccc > 4:188545/1‑80 (MQ=255) atcgcTGT‑GCGGGCCTCTTCGCGGCTC‑AACCCGCTCCAACACCGGCCGGGGCCCAACCCCTGATGGGTTTCCGGGGTCGCTGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGcc < 6:346929/145‑1 (MQ=255) tCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 7:151438/92‑1 (MQ=255) tgt‑gCGGGCCTCTTCG‑GGGTGCACCCCGCTCCTACAACGGCGGGGGGCCACCCCCATTTGTGTGTCCGGGGTCGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAatc < 2:16233/149‑1 (MQ=255) tGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCagct > 5:346929/1‑146 (MQ=255) gT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACAAGCGCCGACCAAGGCCAGGGTCCAACCCCACATGTGTGTACAGGGGATGAGCGGGTTCACACGCGAAGAGGCCGGCACAAAAAGCAAAAACCTAACAGGGGTTTATTATGCCCAGGCGCaaag > 8:96246/1‑146 (MQ=255) gggCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCCATAATCcg > 6:102781/1‑149 (MQ=255) | AGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGT‑TCGGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCG > NC_002947/5870114‑5870408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |