| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4586034 = | 13 (0.220) | 6 (0.120) | 7/212 | NT | 39.0% | intergenic (+117/+98) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | 4586105 = | 8 (0.160) | intergenic (+188/+27) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
CATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGCGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGAC‑GTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCTTG > NC_002947/4585962‑4586252 | gcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattaaaggccggcacggtccctggtaggagccggtttacccgcg > 3:65671‑M2/146‑149 (MQ=255)ccgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgc < 4:65671‑M2/3‑1 (MQ=255) cgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGa < 5:96432‑M2/5‑1 (MQ=255) tcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACg < 5:96432‑M1/144‑1 (MQ=255) cgcgGGTAAACCGGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTTAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGc > 3:65671‑M1/5‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAcgg < 4:65671‑M1/145‑2 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 6:230591‑M2/148‑72 (MQ=255) AAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGCTGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg < 3:92397‑M1/148‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcg < 4:314996‑M2/147‑77 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc > 1:349667‑M1/1‑137 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc < 2:349667‑M1/137‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCGC‑‑CAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt < 8:140143‑M1/149‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 4:218181‑M1/149‑1 (MQ=255) CGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 3:218181‑M1/1‑149 (MQ=255) tCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagat < 7:326185‑M2/147‑82 (MQ=255) cctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCa > 3:168988‑M2/61‑149 (MQ=255) CTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAc < 3:167320‑M1/149‑1 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct < 6:106505‑M2/149‑87 (MQ=255) taccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 7:137716‑M2/59‑149 (MQ=255) taccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 3:242865‑M2/59‑149 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctc > 1:147340‑M2/1‑62 (MQ=255) caggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg > 6:378340‑M2/56‑149 (MQ=255) ggacc‑gtgcCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc > 1:24310‑M2/5‑57 (MQ=255) ggacc‑gtgcCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc < 2:24310‑M2/117‑65 (MQ=255) acc‑GTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCctgt > 4:195914/3‑149 (MQ=255) cc‑gTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgcc > 8:326185‑M2/2‑54 (MQ=255) cagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtc < 5:378340‑M2/100‑1 (MQ=255) gCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGG‑‑TCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacgg < 7:140143/147‑1 (MQ=255) cTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGa < 1:237837/105‑1 (MQ=255) cTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGa > 2:237837/1‑104 (MQ=255) aaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg < 4:168988‑M2/112‑1 (MQ=255) tGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTAGCCGGTCACGGTCATCGGGTACt > 7:271150/1‑149 (MQ=255) gcc‑ggcacgGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacc < 3:160572‑M2/147‑112 (MQ=255) gcc‑ggcacgGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacc < 5:157356‑M2/147‑112 (MQ=255) cc‑ggcacGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctaccc > 6:157356‑M2/2‑37 (MQ=255) c‑ggcaCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtcta < 4:115043‑M2/145‑110 (MQ=255) c‑ggcaCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtcta > 3:115043‑M2/1‑36 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgt < 6:96432/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca < 6:99183/56‑1 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca > 5:99183/1‑56 (MQ=255) cacggtccctggtagGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaa > 8:139934‑M2/7‑33 (MQ=255) cacggtccctggtagGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaa > 3:121726‑M2/7‑33 (MQ=255) cacggtccctggtagGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaa > 2:3512‑M2/7‑33 (MQ=255) ccccTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACaa > 2:348055/1‑148 (MQ=255) cctggtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAAc > 1:106177‑M2/22‑149 (MQ=255) cTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcac > 3:99872‑M2/1‑25 (MQ=255) gtaggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGta > 8:281200‑M2/18‑148 (MQ=255) ggagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGtatata > 2:23478‑M2/15‑149 (MQ=255) gagcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATAc > 6:184191‑M2/14‑149 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggc < 3:175592‑M2/149‑132 (MQ=255) aGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggct < 6:215942‑M2/149‑133 (MQ=255) gcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGtatat > 7:6041‑M2/12‑145 (MQ=255) gcgggtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGtatat < 8:6041‑M2/134‑1 (MQ=255) cGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttacgccttcaccggtggctcc < 2:303537‑M2/149‑135 (MQ=255) ggTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggctcctg < 5:43722‑M2/149‑137 (MQ=255) gtttaccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGc < 7:36182‑M2/142‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggctcctgg < 4:338182‑M2/149‑138 (MQ=255) aCCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggctcctggctc > 5:230591‑M2/1‑8 (MQ=255) ccCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCtt > 5:192370‑M2/3‑149 (MQ=255) cCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCtt > 1:356924‑M2/2‑148 (MQ=255) cCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCTTg < 2:356924‑M2/148‑1 (MQ=255) cgcgAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagccttcaccggtggctcctggctcggcg > 2:103978‑M2/1‑5 (MQ=255) cgcgAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCTTg > 1:334455/1‑148 (MQ=255) | CATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGCGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGAC‑GTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCACCTTG > NC_002947/4585962‑4586252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |