| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,277 | G→A | 16.7% | intergenic (+18/+23) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,277 | 0 | G | A | 16.7% | 48.6 / 4.1 | 24 | intergenic (+18/+23) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/4); new base A (2/2); total (18/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
CCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287148‑3287422 | ccAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCCCCTTGGGCCCGTC‑Accc > 3:207988/1‑149 (MQ=255)ccAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑cccc > 3:80642/1‑149 (MQ=255) gAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGT‑GGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGc > 1:20128/1‑149 (MQ=255) cTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAt > 1:34727/1‑149 (MQ=255) ttATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATc > 5:280635/1‑121 (MQ=255) gAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCAc > 5:202362/1‑149 (MQ=255) gTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAg > 2:323997/1‑149 (MQ=255) gTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCtgt > 3:197003/1‑147 (MQ=255) aGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGc > 2:88962/1‑149 (MQ=255) gtgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGACAGAGCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGAGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGATGCCa < 4:80642/148‑1 (MQ=255) tgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt > 3:169011/1‑148 (MQ=255) gggCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgc < 5:321106/133‑1 (MQ=255) gggCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgc > 6:321106/1‑133 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgctg > 5:346812/1‑135 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgctg < 6:346812/135‑1 (MQ=255) gCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTg < 7:231849/116‑1 (MQ=255) gCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTg > 8:231849/1‑116 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCGCGTCAACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 1:196347/1‑148 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 6:262368/1‑147 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGa > 5:203961/1‑146 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGa < 6:203961/146‑1 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAT‑GTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg > 8:155462/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGt > 1:367115/1‑149 (MQ=255) gtgtGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAT‑GTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAt < 7:155462/149‑1 (MQ=255) tgtgCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAt < 2:20128/149‑1 (MQ=255) | CCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTC‑ACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287148‑3287422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |