Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,443,461 | G→A | 20.7% | V740V (GTG→GTA) | PP_3062 → | tail length determination protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,443,461 | 0 | G | A | 20.7% | 52.3 / 9.3 | 29 | V740V (GTG→GTA) | PP_3062 | tail length determination protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/11); new base A (2/4); total (14/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.19e-01 |
CATCATCGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGG > NC_002947/3443314‑3443603 | catcatCGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGc < 4:43809/149‑1 (MQ=255) atcatcGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCTGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTAcc > 3:110866/1‑149 (MQ=255) atcatcGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTAcc > 3:146175/1‑149 (MQ=255) atcGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGt < 8:5157/149‑1 (MQ=255) atcGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGt > 6:158761/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCgg > 2:106120/1‑148 (MQ=255) ccGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCAGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCgg > 4:102875/1‑148 (MQ=255) cGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTACCGATCACCGGCAccac < 5:104695/148‑3 (MQ=255) gCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCTGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTACCGATCACCGGCAccacgga < 4:110866/149‑6 (MQ=255) gCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTACCGATCACCGGCAccacgga < 4:146175/149‑6 (MQ=255) cTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTACCGATCACCGGCAccacggag < 8:205253/149‑7 (MQ=255) tCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGt < 5:158761/148‑1 (MQ=255) gcgcTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCgg > 2:74083/1‑149 (MQ=255) cTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCtt > 2:102358/1‑149 (MQ=255) gaCTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTtggtg < 7:36033/149‑1 (MQ=255) tAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCa > 3:316445/1‑149 (MQ=255) aGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATg > 5:266163/1‑149 (MQ=255) gACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATggg > 3:335111/1‑149 (MQ=255) aCGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATgggg < 6:266163/149‑1 (MQ=255) 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gCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGa > 1:63545/1‑149 (MQ=255) ggCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGTGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGa < 3:102875/149‑1 (MQ=255) tgctgcAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCcgac > 5:357500/1‑148 (MQ=255) cGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGATGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGCCGATCAAGCCGAGCCGGACTCGCCGCCgg > 6:198490/1‑149 (MQ=255) | CATCATCGATGCCGGTGCGGCTGCGATCGATGTCGCGCTGAACGCTGAGACTAAGGACGAAAAGGCCGAGGGCTACGGCGGCGCTGCCGGCAGCCTGGCGGGCACCCTTGCCGGTGCTGCAGCGGGGGCGGCTATTGGCTCCGTGGTGCCGGTGATCGGTACCGCTGTGGGTGGCG‑CGGTCGGCGCTGTCCTTGGTGGCATGGGGGGCGAGTCGTTTGGGGGGTGGCTGGGCAAGCGATGGTTTGGTGACGAGCCGGCCGACGATCAAGCCGAGCCGGAATCGCCGCCGG > NC_002947/3443314‑3443603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |