Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 285,328 | T→A | 6.8% | Q41L (CAG→CTG) | atsK ← | alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 285,328 | 0 | T | A | 6.8% | 178.3 / 3.1 | 59 | Q41L (CAG→CTG) | atsK | alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/27); new base A (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
ACATCGGTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCGGGCGCCAGTG > NC_002947/285181‑285476 | acaTCGGTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTg < 5:332607/149‑1 (MQ=255) caTCGGTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTgg < 3:268916/149‑1 (MQ=255) ggTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGc < 1:199019/148‑1 (MQ=255) gTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTg < 8:179659/149‑1 (MQ=255) gtgtCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATCTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGc < 8:178085/149‑1 (MQ=255) tCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTg > 2:273257/1‑149 (MQ=255) gAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGtt > 2:190498/1‑149 (MQ=255) gCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTc > 7:279223/1‑148 (MQ=255) cacaAGCACGTG‑GGGGGGTCGGGCCCGGTTGGGTAACTCGGGGGGCTGGGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGAt < 7:274908/149‑1 (MQ=255) ccTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATcg > 2:109320/1‑149 (MQ=255) cTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATcgc > 4:167906/1‑149 (MQ=255) tGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTgcgc < 8:279223/149‑1 (MQ=255) tGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTgcgc > 2:59843/1‑149 (MQ=255) gCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCt < 1:109320/148‑1 (MQ=255) gCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCt < 4:7522/148‑1 (MQ=255) cGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGTGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGata > 5:73119/1‑149 (MQ=255) gTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGc > 2:83568/1‑149 (MQ=255) gTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGc > 4:367732/1‑149 (MQ=255) 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tgCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCa < 3:160031/142‑1 (MQ=255) gTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCt < 1:59843/149‑1 (MQ=255) tCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTg > 4:227263/1‑149 (MQ=255) tCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTg < 7:250107/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGgcg > 7:109466/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAAAGCGCGACTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTg > 7:142557/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCt > 1:190606/1‑149 (MQ=255) cgcgcCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAg < 3:227263/149‑1 (MQ=255) gcCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAggg < 6:279956/148‑1 (MQ=255) gcCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAggg > 5:279956/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGAt > 4:41079/1‑70 (MQ=255) ccTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGAt < 3:41079/70‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTCCGGGCGGATCGGCAGGGCGCGGACGAACAGCACCTGGTGCGGGAGCAGGGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGACGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGa < 8:93179/149‑1 (MQ=255) gTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATg > 1:148656/1‑149 (MQ=255) ttCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGAt < 6:201480/147‑1 (MQ=255) ttCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGAt < 8:109466/147‑1 (MQ=255) ttCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATgg > 3:87602/1‑149 (MQ=255) ggTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTc < 6:73190/97‑1 (MQ=255) ggTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTc > 5:73190/1‑97 (MQ=255) gTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTTAGGc > 3:216436/1‑149 (MQ=255) aTCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTgg > 5:388686/1‑122 (MQ=255) aTCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTgg < 6:388686/122‑1 (MQ=255) aTCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCAt > 7:317411/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGt < 2:190606/148‑1 (MQ=255) ggTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGtc > 6:157599/1‑149 (MQ=255) gcgGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTctct < 6:251056/148‑1 (MQ=255) gcgGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTctct < 6:245544/148‑1 (MQ=255) gaACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTggg > 5:327446/1‑106 (MQ=255) gaACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTggg < 6:327446/106‑1 (MQ=255) tccAGCACCAGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTg < 7:61912/55‑1 (MQ=255) tccAGCACCAGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTg > 8:61912/3‑57 (MQ=255) tccAGCACCAGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCgg > 8:88154/3‑149 (MQ=255) aCAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCggg > 7:205180/1‑149 (MQ=255) aCAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCggg > 6:4989/1‑149 (MQ=255) cAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCGGgc < 3:367732/149‑1 (MQ=255) cAGCACCAGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCgg < 7:88154/147‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCGGGCGCCAgtg > 8:210219/1‑149 (MQ=255) | ACATCGGTAACCGCCGTGTCGAGCACAAGCACCTGTGGGGTGTCTGGCACGTTGGGGTAAATCGGGTGGATGTGCAGGTCGCCGAAGCGTGCGGCAAAGCGCGCCTGCTGTTCCGGGTTGATCGGCTGGTCGCGGAGGAACAGCACCTGGTGCTGGAGCAGTGCCTGTTCGATGGCATCGCGCTCTTCTGCGCTGATATCGCGGCTGATGTCCACGCCGCTGATCTGGGCGCCGAGTGCTGGGCTTAGGGGAGTGATGGTCAGGCTCATGTCGGTCTCTTCAATCGGGCGCCAGTG > NC_002947/285181‑285476 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |