Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,829,900 | G→A | 8.9% | Q494* (CAG→TAG) ‡ | PP_3383 ← | gluconate 2‑dehydrogenase flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,829,900 | 0 | G | A | 8.9% | 156.4 / 4.9 | 56 | Q494* (CAG→TAG) ‡ | PP_3383 | gluconate 2‑dehydrogenase flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/27); new base A (2/3); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 |
GCAGGTAGCGGTTCAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTGGT > NC_002947/3829756‑3830046 | gCAGGTAGCGGTTCAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGc < 3:95294/148‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTTCAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATc > 6:376449/1‑149 (MQ=255) gCGGTTCAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCCAGGCGAtgaac < 4:197521/148‑5 (MQ=255) cAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGc < 4:361049/148‑1 (MQ=255) cAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGc < 5:134697/148‑1 (MQ=255) gCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTc < 2:371776/149‑1 (MQ=255) cTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGTCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGAc < 1:265002/149‑1 (MQ=255) cTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGAc < 2:205871/149‑1 (MQ=255) tGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGAc > 8:32602/1‑148 (MQ=255) ggggTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACt > 7:258130/1‑149 (MQ=255) tCAGTGCCCATGATGGCCCCAGCGTTCATGTGGGTGGTCTGGTTAGTGGTGTTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGACAAGCACGTCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGtt < 8:258130/149‑1 (MQ=255) tCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGtt > 7:140123/1‑149 (MQ=255) aGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGTTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTc < 3:114096/148‑1 (MQ=255) gCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCCAGGCGAtgaaccc < 3:82055/120‑7 (MQ=255) gCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCCAGGCGAtgaaccc > 4:82055/1‑114 (MQ=255) ccATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTTTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTg < 8:69920/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTc < 8:140123/149‑1 (MQ=255) gCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGtt > 3:145725/1‑149 (MQ=255) cccACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGttt > 1:297651/1‑148 (MQ=255) cGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGc > 6:358266/1‑149 (MQ=255) ttCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCa < 5:358266/149‑1 (MQ=255) gtggtCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTgg > 7:7765/1‑114 (MQ=255) gtggtCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTgg < 8:7765/114‑1 (MQ=255) tCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATg < 2:297651/149‑1 (MQ=255) gTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGc < 4:188863/130‑1 (MQ=255) gTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGc > 3:188863/1‑130 (MQ=255) tggtgTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑Gc > 1:230018/1‑149 (MQ=255) aGTGGGCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAg < 1:141539/149‑1 (MQ=255) gACCTGCCTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGt < 8:243195/149‑1 (MQ=255) aCCTGCGTGCCCAGCACGGCAATGGCCTGGGGGTGCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTGTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGt < 8:280736/148‑1 (MQ=255) cTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAgg > 4:33943/1‑149 (MQ=255) tGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGt > 2:235051/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGt > 8:73617/1‑132 (MQ=255) gCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGt < 7:73617/132‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTggg > 5:367417/1‑149 (MQ=255) cccAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGggtc < 4:145725/149‑1 (MQ=255) ccAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCgg < 6:131936/137‑1 (MQ=255) ccAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCgg > 5:131936/1‑137 (MQ=255) ccAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGAGGTAGGTGGggtc > 2:38889/1‑148 (MQ=255) cGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGCTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGggtccaggtcc < 5:376449/149‑1 (MQ=255) cAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGtccaggtccagg > 8:112407/1‑149 (MQ=255) aaTGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGtccaggtccagg > 4:76132/1‑148 (MQ=255) gCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAAtt < 6:367417/149‑1 (MQ=255) gCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAAt < 7:32602/148‑1 (MQ=255) cTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGc < 3:76132/149‑1 (MQ=255) gcaagaTCGCCCAGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACgg > 2:377404/6‑149 (MQ=255) ttCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACgg > 5:13864/1‑147 (MQ=255) aTCGCCTGGGTGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGTTGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGa > 1:343112/1‑149 (MQ=255) tCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCGCCCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAAt < 1:269010/136‑1 (MQ=255) tCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAAt > 2:269010/1‑135 (MQ=255) tCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGAc > 1:188922/1‑149 (MQ=255) tCGCCCAGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGAc < 1:377404/149‑1 (MQ=255) gCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTg > 6:104709/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTgg > 3:50220/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTgg < 6:13864/149‑1 (MQ=255) cTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTGgt < 7:112407/149‑1 (MQ=255) | GCAGGTAGCGGTTCAGTGCACTGGTCTTGGGGTCAGTGCCCATGATCGCCCCACCGTTCAGGTGGGTGGTCTGGTAACTGGTGGTGTTGAAGTGGTCCTTGACCTGCTTGCCCAGCACGGCAATGGCCTTGGGGTTCATCGCCTGGGCGATCTTGCTCAGCTTGTCGACCATGAACTGGTTCATCTTGATGTCGTTTTCCTGCCAGTCGAACGTCATGCGCAGCAGCG‑GCTGACCGTAGGCATCGCGGTAGGTGGGGTCCAGGTCCAGGTAATTGCCACGGTAGGACTGGT > NC_002947/3829756‑3830046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |