Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,166,192 | G→T | 7.0% | intergenic (‑91/+72) | PP_3666 ← / ← creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,166,192 | 0 | G | T | 7.0% | 170.8 / 3.0 | 57 | intergenic (‑91/+72) | PP_3666/creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/25); new base T (2/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
TTCGGCGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGAT > NC_002947/4166045‑4166338 | ttCGGCGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTAGCGGGTg > 5:275947/1‑148 (MQ=255) gtgtgCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcga < 3:346366/148‑2 (MQ=255) cGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcgaataggc < 7:224946/149‑8 (MQ=255) ggCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGt < 2:228219/149‑1 (MQ=255) gATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGa > 4:77691/1‑148 (MQ=255) ggATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATcccc > 7:195817/1‑149 (MQ=255) ggTCTAGGGTGGTGCTTGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAg < 3:237284/148‑1 (MQ=255) gtgCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGc > 8:78515/1‑149 (MQ=255) tgCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATccc < 6:32106/131‑1 (MQ=255) tgCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATccc > 5:32106/1‑131 (MQ=255) cTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGccc < 6:275947/148‑1 (MQ=255) tGGTCATGACGGGTCCCCTGTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCcgc < 2:118903/149‑1 (MQ=255) gACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTTGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCAGCGCCTGCGCAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGACcgcg > 8:188543/1‑148 (MQ=255) aTGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAag > 3:339877/1‑148 (MQ=255) aCGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAagcag < 8:195817/148‑1 (MQ=255) aCCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGc > 2:345710/1‑149 (MQ=255) cccTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGc < 7:78515/148‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGaa < 5:55426/107‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGaa > 6:55426/1‑107 (MQ=255) ccTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGcc > 8:178069/1‑148 (MQ=255) cTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTAt < 4:159595/148‑1 (MQ=255) tttAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTg > 1:179776/1‑149 (MQ=255) ttAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGTGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCTCTGCTTAttt > 8:128258/1‑147 (MQ=255) ttGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAat > 6:114893/1‑149 (MQ=255) ttGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGAGCCTGCGAAAACGGTGAAATACCCGAAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAat > 4:128541/1‑149 (MQ=255) ggCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgt < 2:179776/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt < 7:178069/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt > 7:309028/1‑149 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt > 8:346235/1‑149 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt < 5:114893/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt < 1:345710/149‑1 (MQ=255) gtggtCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt < 6:189871/139‑1 (MQ=255) gtggtCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt > 5:189871/1‑139 (MQ=255) gtggtCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCgg < 3:77691/148‑1 (MQ=255) ggggATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACggg > 2:75267/1‑148 (MQ=255) ttgttgttgTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGc > 1:76077/1‑132 (MQ=255) ttgttgttgTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGc < 2:76077/132‑1 (MQ=255) ttgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGAt < 8:309028/149‑1 (MQ=255) ttgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGAt > 5:251256/1‑149 (MQ=255) tgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATg > 6:222248/1‑149 (MQ=255) gttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATg < 4:366875/148‑1 (MQ=255) ttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGACCCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCTAATCAGCAGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGt < 5:263992/143‑1 (MQ=255) gtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTg < 1:201001/139‑1 (MQ=255) gtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTg > 2:201001/1‑139 (MQ=255) cTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCg > 3:77260/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCg > 4:358466/1‑149 (MQ=255) cggccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGcgccg > 2:69527/1‑149 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCt > 2:232817/1‑149 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCt > 8:113795/1‑149 (MQ=255) tATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGCGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCATATTTGAGAATCATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACATGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTc > 4:320359/1‑149 (MQ=255) aggcgcgGGTTCACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCg > 5:230559/4‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGt < 1:232817/149‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTCACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGtt > 3:202207/2‑149 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGtt < 4:339877/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGtt < 5:222248/148‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGa < 4:77260/149‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGa < 1:75267/149‑1 (MQ=255) tGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGAt > 6:28889/1‑148 (MQ=255) | TTCGGCGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGAT > NC_002947/4166045‑4166338 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |