Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,256,904 | C→T | 9.3% | M1M (ATG→ATA) † *239* (TGA→TAA) |
PP_3729 ← aruR ← |
amino acid‑binding protein‑like protein transcriptional regulator AruR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,256,904 | 0 | C | T | 9.3% | 119.1 / 2.7 | 43 | M1M (ATG→ATA) † *239* (TGA→TAA) | PP_3729 aruR | amino acid‑binding protein‑like protein transcriptional regulator AruR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/20); new base T (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 |
CGGTGGGGGCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAGGCGGCCGACCAGCACGTCGATGGAGCGGTCGTTGGGCACCCACTCGCGGT > NC_002947/4256756‑4257048 | cGGTGGGGGCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATc < 6:48954/149‑1 (MQ=255) gTGGGGGCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCAt < 1:282839/149‑1 (MQ=255) tGGGGGCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCAtg < 2:144590/149‑1 (MQ=255) ggggCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCAtgct < 3:108622/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCGCACATGATGGACGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGATACAACTGCAAGGCGAGAGGAATCATGCTGCCa > 2:64314/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCt > 3:220369/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCt > 8:18468/1‑149 (MQ=255) aCCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTg < 4:220369/149‑1 (MQ=255) aTGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGTTGCCACGCTGGCGGTGAACAg < 5:337050/149‑1 (MQ=255) tCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGc > 1:180542/1‑149 (MQ=255) cAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCg > 3:242255/1‑149 (MQ=255) aGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGt < 4:18590/149‑1 (MQ=255) ataTGTGCGGGTACACCGGGTAGTCGCTGTAGCGCAGCGGCTCTCTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCATGGCCAGCGCCAACTGCCTGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTTaa < 3:112654/147‑1 (MQ=255) ggCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGtg < 2:52434/149‑1 (MQ=255) 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gcGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAg < 2:180542/148‑1 (MQ=255) cGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAggc < 7:148692/149‑1 (MQ=255) ggTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAGGCGGCCGAc < 1:106675/149‑1 (MQ=255) ggCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATTATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGc < 8:304884/109‑1 (MQ=255) ggCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATTATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGc > 7:304884/1‑109 (MQ=255) cGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAGGCGGCCGACCAGCACGTc > 5:286847/1‑149 (MQ=255) 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gcgcGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAGGCGGCCGACCAGCACGTCGATGGAGCGGTCGTTGGGCACCCAc < 6:236068/149‑1 (MQ=255) gAATCATGCTGGCACGCTGGCGGTGATCAGGTAGCCGGTGCGGTGAATGGTGATGATGATCTGCGGTTCGGCGGGGTGGTCATGCTGGTTGCGCCGCTGGCGGCCGAGCAGCTCGTCGATGGAGCGGTCGTTGGGGACCCACTCGGGGt < 2:187233/149‑1 (MQ=255) | CGGTGGGGGCCAGGCCGCGCACCTGATGGCCGTCGCTCCAGGAAATGGGCGGGTACACCGGGTAGTCGCAGTAGCGCACCGGCTCACTGGCACTGGCGTGCAGGGTGGGCAACGTCAAGGCCAGCGCCAACTGCCAGGCGCGAGGAATCATGCTGCCACGCTGGCGGTGAACAGGTAGCCGGTGCCGTGAATGGTGATGATCAACTGCGGTTCGGCCGGGTCGTCATGCAGCTTGCGCCGCAGGCGGCCGACCAGCACGTCGATGGAGCGGTCGTTGGGCACCCACTCGCGGT > NC_002947/4256756‑4257048 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |