| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,274,419 | C→G | 7.3% | P126A (CCG→GCG) | glcD → | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,274,419 | 0 | C | G | 7.3% | 173.4 / 3.8 | 55 | P126A (CCG→GCG) | glcD | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/24); new base G (2/2); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGA > NC_002947/4274271‑4274566 | ccaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAAc < 3:94568/149‑1 (MQ=255) caGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAAc > 1:103953/1‑149 (MQ=255) gcggcgTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGc > 4:160302/1‑149 (MQ=255) cggcgTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCG‑TACGCCCGGTTGCACGCGGGCg > 5:126710/1‑148 (MQ=255) gTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCG‑TACGCCCGGTTGCACGCGGGCGTaacg < 6:126710/149‑4 (MQ=255) aCCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGc > 5:156334/1‑148 (MQ=255) gTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTcc > 7:102311/1‑149 (MQ=255) ggCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCAcc > 6:363151/1‑149 (MQ=255) gCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCAccc > 4:2417/1‑149 (MQ=255) gCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCAccc > 6:280200/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATg < 3:160302/148‑1 (MQ=255) tggtggT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTa > 7:322953/1‑149 (MQ=255) gtggt‑gCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTAt < 1:338127/148‑1 (MQ=255) t‑gCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGtact < 5:200894/149‑1 (MQ=255) ccTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACg > 4:157958/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCa < 3:353548/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCAc < 2:103953/148‑1 (MQ=255) gCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCAc < 2:143054/125‑1 (MQ=255) gCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCAc > 1:143054/1‑125 (MQ=255) cTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGa < 5:280200/149‑1 (MQ=255) cAAGGGCATCCCGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCtt > 2:194768/1‑149 (MQ=255) aaGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTc > 1:155959/1‑149 (MQ=255) aaGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTc > 4:272453/1‑149 (MQ=255) gggCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCt > 1:15817/1‑149 (MQ=255) gctgGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTg > 2:138432/1‑149 (MQ=255) ctgGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAAtt < 3:157958/147‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGc < 4:243278/149‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGc > 2:88445/1‑149 (MQ=255) gTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCa > 5:311897/1‑140 (MQ=255) gTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCa < 6:311897/140‑1 (MQ=255) aTGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCt < 2:155959/148‑1 (MQ=255) aTGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCCACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTc > 6:327124/1‑149 (MQ=255) cgcgcTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATc < 7:159713/149‑1 (MQ=255) gcTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGCCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGt < 1:120524/149‑1 (MQ=255) tCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGcc < 3:2417/149‑1 (MQ=255) ccTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGcc > 3:93343/1‑148 (MQ=255) tCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGa > 6:383343/1‑148 (MQ=255) gAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGaaaa < 1:194768/149‑1 (MQ=255) tCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGcc > 6:26414/1‑149 (MQ=255) tgCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGc > 8:192866/2‑149 (MQ=255) cGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGc < 3:272453/149‑1 (MQ=255) ggCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCAc < 2:93972/149‑1 (MQ=255) ttACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGcc < 5:26414/149‑1 (MQ=255) ttACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGcc < 8:108829/149‑1 (MQ=255) ttACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGcc > 5:64113/1‑149 (MQ=255) gtACGCCCGGTTGCACGCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGc > 8:252235/2‑139 (MQ=255) gtACGCCCGGTTGCACGCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGc < 7:252235/138‑1 (MQ=255) aCGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCt < 4:93343/148‑1 (MQ=255) cGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTc > 6:207177/1‑148 (MQ=255) cGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCa < 2:121766/149‑1 (MQ=255) gCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCaa < 5:383343/149‑1 (MQ=255) gcgTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTAc > 4:125929/1‑149 (MQ=255) cgTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACg < 6:156334/149‑1 (MQ=255) aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCt > 5:162873/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGCTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCCAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCt > 3:227989/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATAGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTg > 1:275363/1‑149 (MQ=255) aCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGa < 5:207177/149‑1 (MQ=255) | CCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGT‑GCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGA > NC_002947/4274271‑4274566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |