Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,274,562 | C→T | 5.9% | G173G (GGC→GGT) | glcD → | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,274,562 | 0 | C | T | 5.9% | 203.3 / 2.3 | 67 | G173G (GGC→GGT) | glcD | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/33); new base T (2/2); total (32/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
AACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAG > NC_002947/4274417‑4274710 | aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCt > 5:162873/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGCTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCCAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCt > 3:227989/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATAGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTg > 1:275363/1‑149 (MQ=255) aCCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGa < 5:207177/149‑1 (MQ=255) gggCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCg > 1:155967/1‑149 (MQ=255) gTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCTCACCCCATGGTATGAACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTaca < 8:322953/149‑1 (MQ=255) cGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGTCAGGCCGTacttga < 8:102311/149‑5 (MQ=255) gCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAAt < 6:64113/149‑1 (MQ=255) gCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAAt > 7:145014/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGc < 3:153466/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGc < 5:53525/149‑1 (MQ=255) cTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGAGCt > 8:102951/1‑149 (MQ=255) cATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAAGGTCGCCTAAAAGGCCGGAGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAgg < 1:88445/149‑1 (MQ=255) cATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACAGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAgg > 3:127914/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTg < 2:155967/145‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGa < 5:363151/147‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACa > 7:114333/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCAGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACa > 5:384260/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCCACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTg < 5:327124/145‑1 (MQ=255) cAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACAt < 7:192866/149‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATcc < 2:15817/149‑1 (MQ=255) cgccgcACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTa < 8:145014/149‑1 (MQ=255) cgccgcACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTa > 1:263504/1‑149 (MQ=255) ccgcACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACg > 5:359295/1‑149 (MQ=255) ccccATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGa < 7:102951/149‑1 (MQ=255) ccccATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGa < 6:162873/149‑1 (MQ=255) cccATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAg < 3:125929/149‑1 (MQ=255) ccttGGTATGTACAAGGCACGCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTTCTCGCTCGGTGGCAAGGTGGCAGAAAAGGCCGGTTGCGTGCAGTGCCTAAAGTACGGCCTGACGGTACAAAATGTGCTCAAGGTGGACTTCGTTAATGT‑‑CGAgg < 6:384260/146‑1 (MQ=255) ctacGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGa < 2:263504/149‑1 (MQ=255) tacGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGAc > 2:295094/1‑120 (MQ=255) tacGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGAc < 1:295094/120‑1 (MQ=255) tacGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAg > 4:296674/1‑149 (MQ=255) acGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGc > 8:5152/1‑149 (MQ=255) acGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGc > 2:162218/1‑149 (MQ=255) gCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCt > 3:40762/1‑149 (MQ=255) cccGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTggg < 2:275363/149‑1 (MQ=255) ttCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAg < 3:269799/121‑1 (MQ=255) ttCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAg > 4:269799/1‑121 (MQ=255) tCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTg > 8:45805/1‑135 (MQ=255) tCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTg < 7:45805/135‑1 (MQ=255) gCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCt < 4:227989/147‑1 (MQ=255) gCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTgg < 6:359295/149‑1 (MQ=255) acTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTACTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGcccc > 5:353054/2‑149 (MQ=255) cTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGAc < 5:84277/142‑1 (MQ=255) cTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGAc > 6:84277/1‑142 (MQ=255) cTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCg > 1:116375/1‑149 (MQ=255) cGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGAACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACAAAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTc > 4:335333/1‑149 (MQ=255) cAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTgg < 8:114333/149‑1 (MQ=255) aaCGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTgg > 6:68084/1‑148 (MQ=255) aCGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCa > 3:328836/1‑149 (MQ=255) gTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCAtt < 4:40762/149‑1 (MQ=255) gCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGtt > 2:208892/1‑149 (MQ=255) ccGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTc < 1:162218/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGTTAGCGAGGGCGAACGCGTGAGCATGGGCAGCGAGGCCGGGGCCCGCCCCGGGTTCGACGGGGGGGCATTTTACAGCGGCTc > 1:307444/1‑149 (MQ=255) gCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGc < 4:328836/149‑1 (MQ=255) 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gTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCa > 2:186716/1‑149 (MQ=255) gCCTGACCGTACACAATGTACTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCAACGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGaa < 6:353054/149‑1 (MQ=255) ccTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGGCACCGAAg > 8:344021/1‑149 (MQ=255) | AACCGGGCGTACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGT‑‑CGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAG > NC_002947/4274417‑4274710 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |