| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,525,990 | C→T | 6.1% | S307S (AGC→AGT) | mnmA → | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,525,990 | 0 | C | T | 6.1% | 248.1 / 3.8 | 81 | S307S (AGC→AGT) | mnmA | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/39); new base T (3/2); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ATGCCAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAG > NC_002947/4525842‑4526138 | aTGCCAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGc < 1:357839/149‑1 (MQ=255) ccAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCa > 2:362861/1‑149 (MQ=255) aGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACg > 3:371008/1‑149 (MQ=255) gTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg < 5:133067/149‑1 (MQ=255) tGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg > 8:203235/1‑148 (MQ=255) gtgCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGT‑GTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTCGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 1:98619/147‑1 (MQ=255) gAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 8:335243/149‑1 (MQ=255) aGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTg < 7:203235/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGa < 1:47407/149‑1 (MQ=255) gTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTg > 7:302047/1‑149 (MQ=255) gTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGcc > 5:146820/1‑148 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg < 1:272458/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGGCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAg < 4:215244/148‑1 (MQ=255) tgctgcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:310008/1‑149 (MQ=255) tgcagcACAAGGACCTGGCACGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCCCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:219641/1‑149 (MQ=255) gcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc > 5:338946/1‑148 (MQ=255) cacaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc < 1:362861/147‑1 (MQ=255) acaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAc < 6:146820/149‑1 (MQ=255) caAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAcc < 6:338946/149‑1 (MQ=255) gCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGc < 6:117750/147‑1 (MQ=255) cccGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGAc < 8:223014/149‑1 (MQ=255) cAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGc < 6:151431/149‑1 (MQ=255) aaCGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCg < 1:310008/149‑1 (MQ=255) gtCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTgg > 6:166293/1‑148 (MQ=255) gCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACg > 4:318428/1‑148 (MQ=255) cAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCAc < 8:302047/149‑1 (MQ=255) gggCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg > 2:199851/1‑104 (MQ=37) gggCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg < 1:199851/104‑1 (MQ=37) cAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGc > 3:182696/1‑147 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCAccc > 3:311708/1‑122 (MQ=255) aTGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCAccc < 4:311708/122‑1 (MQ=255) tGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCgcgc > 6:357875/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGcc > 6:328706/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc < 1:180158/139‑1 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc > 2:180158/1‑139 (MQ=255) 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4:371832/133‑1 (MQ=255) cAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGc > 7:106881/1‑148 (MQ=255) gCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGaa < 3:43464/149‑1 (MQ=255) cccACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAg > 1:160946/1‑149 (MQ=255) cccACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAg > 6:151916/1‑149 (MQ=255) | ATGCCAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAG > NC_002947/4525842‑4526138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |