| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,525,992 | C→A | 6.2% | P308Q (CCA→CAA) | mnmA → | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,525,992 | 0 | C | A | 6.2% | 263.9 / 5.9 | 81 | P308Q (CCA→CAA) | mnmA | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/39); new base A (3/2); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
CCAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGT > NC_002947/4525845‑4526139 | ccAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCa > 2:362861/1‑149 (MQ=255) aGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACg > 3:371008/1‑149 (MQ=255) gTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg < 5:133067/149‑1 (MQ=255) tGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg > 8:203235/1‑148 (MQ=255) gtgCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGT‑GTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTCGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 1:98619/147‑1 (MQ=255) gAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 8:335243/149‑1 (MQ=255) aGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTg < 7:203235/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGa < 1:47407/149‑1 (MQ=255) gTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTg > 7:302047/1‑149 (MQ=255) gTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGcc > 5:146820/1‑148 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg < 1:272458/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGGCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAg < 4:215244/148‑1 (MQ=255) tgctgcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:310008/1‑149 (MQ=255) tgcagcACAAGGACCTGGCACGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCCCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:219641/1‑149 (MQ=255) gcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc > 5:338946/1‑148 (MQ=255) cacaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc < 1:362861/147‑1 (MQ=255) acaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAc < 6:146820/149‑1 (MQ=255) caAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAcc < 6:338946/149‑1 (MQ=255) gCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGc < 6:117750/147‑1 (MQ=255) cccGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGAc < 8:223014/149‑1 (MQ=255) cAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGc < 6:151431/149‑1 (MQ=255) aaCGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCg < 1:310008/149‑1 (MQ=255) gtCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTgg > 6:166293/1‑148 (MQ=255) gCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACg > 4:318428/1‑148 (MQ=255) cAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCAc < 8:302047/149‑1 (MQ=255) gggCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg > 2:199851/1‑104 (MQ=37) gggCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg < 1:199851/104‑1 (MQ=37) cAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGc > 3:182696/1‑147 (MQ=255) gAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCgg < 2:22697/149‑1 (MQ=255) 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aTGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCAccc < 4:311708/122‑1 (MQ=255) tGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCgcgc > 6:357875/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGcc > 6:328706/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc > 2:180158/1‑139 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc < 1:180158/139‑1 (MQ=255) cTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCgt > 8:25435/1‑149 (MQ=255) tGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCgtg > 6:52548/1‑149 (MQ=255) ctcCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCAc > 6:59134/1‑123 (MQ=255) ctcCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCAc < 5:59134/123‑1 (MQ=255) ccGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac < 5:52548/148‑1 (MQ=255) ccGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcga < 2:218872/147‑1 (MQ=255) cgcCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGc < 3:57875/149‑1 (MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac > 1:321353/1‑143 (MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac < 2:321353/143‑1 (MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCt > 5:358723/1‑149 (MQ=255) ctgct‑gGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCa > 6:179364/1‑149 (MQ=255) cTCGGAAATTTTATGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCACCCCACGGAAGTTTACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGAAGCACCCTGGAACGCCCCGCCAGCGGCTACAGCGCCGTGTTCTACGAGCCTCACCGAGCCg > 2:326256/1‑149 (MQ=255) 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CCAGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGT > NC_002947/4525845‑4526139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |