| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,525,995 | G→T | 6.1% | R309L (CGG→CTG) | mnmA → | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,525,995 | 0 | G | T | 6.1% | 257.3 / 4.0 | 80 | R309L (CGG→CTG) | mnmA | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/39); new base T (3/2); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
AGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGT > NC_002947/4525847‑4526139 | aGTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACg > 3:371008/1‑149 (MQ=255) gTGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg < 5:133067/149‑1 (MQ=255) tGACGAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACgg > 8:203235/1‑148 (MQ=255) gtgCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGT‑GTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTCGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 1:98619/147‑1 (MQ=255) gAGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGtt < 8:335243/149‑1 (MQ=255) aGCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTg < 7:203235/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGa < 1:47407/149‑1 (MQ=255) gTGGTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTg > 7:302047/1‑149 (MQ=255) gTACGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGcc > 5:146820/1‑148 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAgg < 1:272458/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGGCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAg < 4:215244/148‑1 (MQ=255) tgctgcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:310008/1‑149 (MQ=255) tgcagcACAAGGACCTGGCACGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCCCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg > 2:219641/1‑149 (MQ=255) gcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc > 5:338946/1‑148 (MQ=255) cacaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgcgc < 1:362861/147‑1 (MQ=255) acaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAc < 6:146820/149‑1 (MQ=255) caAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTTGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAcc < 6:338946/149‑1 (MQ=255) gCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGc < 6:117750/147‑1 (MQ=255) 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tGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCgcgc > 6:357875/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGcc > 6:328706/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc > 2:180158/1‑139 (MQ=255) gCTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGc < 1:180158/139‑1 (MQ=255) cTGTTCTCCCGCGCCCTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCgt > 8:25435/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac > 1:321353/1‑143 (MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac < 2:321353/143‑1 (MQ=255) cccTGCT‑GGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCt > 5:358723/1‑149 (MQ=255) ctgct‑gGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCa > 6:179364/1‑149 (MQ=255) cTCGGAAATTTTATGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCACCCCACGGAAGTTTACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGAAGCACCCTGGAACGCCCCGCCAGCGGCTACAGCGCCGTGTTCTACGAGCCTCACCGAGCCg > 2:326256/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |