| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,080 | T→G | 11.4% | intergenic (+163/+52) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,080 | 0 | T | G | 11.4% | 113.1 / 6.6 | 44 | intergenic (+163/+52) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/25); new base G (3/2); total (17/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑G‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGT > NC_002947/4585935‑4586223 | gaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTg < 5:378340‑M1/49‑1 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 6:378340‑M1/95‑149 (MQ=255) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTCGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc < 1:3512/148‑1 (MQ=38) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg < 4:127632/149‑1 (MQ=39) ggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 7:137716‑M1/92‑149 (MQ=255) ggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 3:242865‑M1/92‑149 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTa < 3:235960/149‑1 (MQ=39) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAg > 8:155275/1‑149 (MQ=39) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAg < 7:155275/149‑1 (MQ=39) tgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAgg > 3:168988‑M1/90‑149 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 4:121726/147‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 7:139934/147‑1 (MQ=38) cctgctCCATTGAAAGGCTGACGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GCGTAAACCCGCTCCTACCAGCGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt < 4:99872/148‑1 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGTCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 5:66604/149‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATTTCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 3:274528/147‑1 (MQ=37) tcgcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACg < 5:96432‑M1/144‑1 (MQ=255) cgcgG‑GTAAACCGGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTTAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGc > 3:65671‑M1/5‑149 (MQ=255) gcgG‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAcgg < 4:65671‑M1/145‑2 (MQ=255) g‑gTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 6:230591‑M2/148‑72 (MQ=255) AAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGCTGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg < 3:92397‑M1/148‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcg < 4:314996‑M2/147‑77 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGG‑CAGC‑GCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc < 2:349667‑M1/137‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGG‑CAGC‑GCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc > 1:349667‑M1/1‑137 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCGC‑‑CAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt < 8:140143‑M1/149‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 4:218181‑M1/149‑1 (MQ=255) CGCTCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 3:218181‑M1/1‑149 (MQ=255) tCCTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagat < 7:326185‑M2/147‑82 (MQ=255) CTACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAc < 3:167320‑M1/149‑1 (MQ=255) tACCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct < 6:106505‑M2/149‑87 (MQ=255) aCCAGGGA‑CCGT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctc > 1:147340‑M2/1‑62 (MQ=255) ggacc‑gt‑gcCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc < 2:24310‑M2/117‑65 (MQ=255) ggacc‑gt‑gcCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc > 1:24310‑M2/5‑57 (MQ=255) acc‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCctgt > 4:195914/3‑149 (MQ=255) cc‑gT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgcc > 8:326185‑M2/2‑54 (MQ=255) gCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGG‑‑TCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacgg < 7:140143/147‑1 (MQ=255) cTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGa < 1:237837/105‑1 (MQ=255) cTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGa > 2:237837/1‑104 (MQ=255) tGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTAGCCGGTCACGGTCATCGGGTACt > 7:271150/1‑149 (MQ=255) gcc‑ggcacgGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacc < 5:157356‑M2/147‑112 (MQ=255) gcc‑ggcacgGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacc < 3:160572‑M2/147‑112 (MQ=255) cc‑ggcacGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctaccc > 6:157356‑M2/2‑37 (MQ=255) c‑ggcaCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtcta < 4:115043‑M2/145‑110 (MQ=255) c‑ggcaCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtcta > 3:115043‑M2/1‑36 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcgt < 6:96432/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca < 6:99183/56‑1 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca > 5:99183/1‑56 (MQ=255) | GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑G‑GTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GT‑GCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAA‑CCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGT > NC_002947/4585935‑4586223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |