Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,636,160 | T→G | 6.7% | M17L (ATG→CTG) ‡ | PP_4100 ← | Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,636,160 | 0 | T | G | 6.7% | 181.5 / 4.3 | 60 | M17L (ATG→CTG) ‡ | PP_4100 | Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/31); new base G (2/2); total (27/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
GCAGGCCGCTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATGCTCTGCGGTCG > NC_002947/4636013‑4636305 | gcAGGCCGCTTAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATa < 5:50494/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACACCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATAc > 8:314175/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATAccc < 2:134270/149‑1 (MQ=255) gCTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGACATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGcc < 3:366429/149‑1 (MQ=255) cTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCg > 7:201371/1‑149 (MQ=255) aGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGc < 3:100439/147‑1 (MQ=255) ggACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCa < 3:193380/149‑1 (MQ=255) gACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCAc > 8:356372/1‑149 (MQ=255) aCATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCCTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACg > 7:160203/1‑149 (MQ=255) cATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTATGACCCAGc > 7:151723/1‑140 (MQ=255) cATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTATGACCCAGc < 8:151723/140‑1 (MQ=255) aCAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGttct > 6:294199/1‑149 (MQ=255) aaCGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGttcttc > 3:15631/1‑149 (MQ=255) aaCGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTATGACCCAGcgt < 4:87211/137‑3 (MQ=255) aaCGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTATGACCCAGcgt > 3:87211/1‑135 (MQ=255) gCATCCACGCGCCGGGTCGCCAATGGCGCCATGTAATCTAGCCGCGGCGTGGGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCg < 8:363453/149‑1 (MQ=255) gCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCg > 6:152296/1‑149 (MQ=255) gCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCg < 8:201371/149‑1 (MQ=255) aTCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCCCCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGCTATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCCCGTTCTTCCCGcc > 5:249736/1‑148 (MQ=255) gggTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATAcc > 8:113239/1‑148 (MQ=255) gggTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCg < 5:294199/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGtt < 5:152296/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCa < 4:15631/149‑1 (MQ=255) ccgccAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATa < 3:349912/149‑1 (MQ=255) tAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCtt > 7:314578/1‑149 (MQ=255) gCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCttt < 2:53847/148‑1 (MQ=255) ccGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTc < 8:314578/149‑1 (MQ=255) cgcgGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTcc < 8:160203/149‑1 (MQ=255) cgcgGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTCCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTcc < 7:356372/149‑1 (MQ=255) gcggcgTGCGTGCACCGCTTTCGGACTTGCCTTGCGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTGCTCCTTTTccc < 6:249736/149‑1 (MQ=255) ggcgTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCtt < 3:112967/149‑1 (MQ=255) cgtgcgtTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTa > 2:216123/1‑148 (MQ=255) gtgcgtTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTAtc < 1:293557/149‑1 (MQ=255) aCCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCTACGACCCCCCCGAAAACGCCAAATACACGCTGGTTAATACCCAGCCGCTACCGTACTACCCGCAGCCGCAAACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTAtctcaac > 1:232035/1‑144 (MQ=255) aCCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACCCGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGCTTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAg > 3:252325/1‑149 (MQ=255) cGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTa > 2:224283/1‑149 (MQ=255) cGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTa > 6:124073/1‑149 (MQ=255) tCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACggg < 2:363748/148‑1 (MQ=255) gTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTg < 7:314175/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCg > 5:141747/1‑149 (MQ=255) cTTGAGCTTTGGGAT‑CGACCCGAAAGATATGGCGAATTACACGCTGGGGAATTCCGAGCCGCTCACGTTGTTGACGCATCCGCATACCGATTCCGTTCTTAGGGGCTTCTCCTTTTCCTTTATCTCCTCAAGTAGGGGCTGCCCGCCTg < 2:232035/149‑1 (MQ=255) ttGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTg > 5:252137/1‑148 (MQ=255) gggCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGcc < 6:252137/148‑1 (MQ=255) gggCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGcc < 1:216123/148‑1 (MQ=255) aCCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGgt < 7:113239/149‑1 (MQ=255) ccAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGc > 3:23548/1‑149 (MQ=255) ccAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGc > 1:377966/1‑149 (MQ=255) aaaTACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGcc > 7:294132/1‑148 (MQ=255) aaaTACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGcc > 3:59982/1‑148 (MQ=255) aTACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACgg < 6:123354/101‑1 (MQ=255) aTACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACgg > 5:123354/1‑101 (MQ=255) aTACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCAt < 4:59982/149‑1 (MQ=255) tACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATg < 6:141747/149‑1 (MQ=255) cacGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATGct < 2:377966/149‑1 (MQ=255) gCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCa < 8:83246/109‑1 (MQ=255) gCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCa > 7:83246/1‑109 (MQ=255) tGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATGCTCTGCg > 2:187048/1‑149 (MQ=255) gggTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGc > 6:346250/1‑105 (MQ=255) gggTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGc < 5:346250/105‑1 (MQ=255) tCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATGCTCTGCGGTcg < 1:224283/149‑1 (MQ=255) | GCAGGCCGCTGAGGACATACAACGCATCCACGCCCCGGGTCGCCAATGCCGCCAGGTAATCTAGCCGCGGCGTGCGTTCACCGCTTTCGTACTTGCCTTGAGCGTTGGGCT‑CGACCCCACCGATATCGCCAAATACACGCTGGGTCATACCCAGCCGCTCACGTTCTTCCCGCAGCCGCATACCGATTCCGTTCATAGGGGCTTCTCCTTTTCCCTTATCTCCTCAAGTACGGGCTGCCCGCCTGCAGACAGCCGTAAAGGTGTGGATCCACTATGCCCATGCTCTGCGGTCG > NC_002947/4636013‑4636305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |