| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,041 | C→G | 5.1% | G468A (GGC→GCC) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,041 | 0 | C | G | 5.1% | 260.2 / 3.5 | 79 | G468A (GGC→GCC) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/38); new base G (2/2); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
ACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATC > NC_002947/4729894‑4730187 | accaccTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGcgcc < 3:80238/149‑1 (MQ=255) caccTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGCGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGcgccgc < 4:291728/149‑1 (MQ=255) ccGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATT‑CAcgt < 8:151929/149‑3 (MQ=255) cGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATT‑CAcgtg < 1:8642/149‑4 (MQ=255) cGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGc > 6:265974/1‑149 (MQ=255) gTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGc > 2:68497/1‑148 (MQ=255) gTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGc > 2:325432/1‑148 (MQ=255) gACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAg < 4:316726/148‑1 (MQ=255) ccccGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAgcgc > 3:67261/1‑149 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGc > 7:160167/1‑148 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGc > 6:391412/1‑148 (MQ=255) cGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCaa > 4:55058/1‑149 (MQ=255) tgtgATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCAACg > 6:114833/1‑149 (MQ=255) aTCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCTGCCATT‑CACCGCCAGCGTTGCAT‑GAAGCAGCGCtgg < 4:120130/149‑3 (MQ=255) aTCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCAACGCTTc > 6:298571/1‑149 (MQ=255) cggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCAACGCTTCGGa > 3:11288/1‑149 (MQ=255) ggtccggCCGACATTCCCCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCACCCCGCCCTGGTATCTTATAATTAACCCTTCTTACGGTTGGCCACCTGAAACGCGCCGCCAAT‑AACCGCCACCGCAGCTT‑CATGCAACGCTTCGGa > 8:94381/1‑148 (MQ=255) ccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATT‑CACCGCCAGCGCTGCTT‑CATGCAACGCTTCGGACAgg < 3:281525/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |