Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,738,324 | C→T | 100% | G16S (GGC→AGC) | sdhA ← | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,738,324 | 0 | C | T | 100.0% | 170.9 / NA | 50 | G16S (GGC→AGC) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (21/29); total (21/29) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGCCG > NC_002947/4738183‑4738467 | ggTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatg < 7:216927/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatg < 2:299258/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCACATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatga > 8:61832/1‑149 (MQ=255) tCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatgat < 1:178803/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatgat > 3:321064/1‑149 (MQ=255) tCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatga > 2:272950/1‑148 (MQ=255) tCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatga < 1:272950/148‑1 (MQ=255) cGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGTTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCATTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGACGCTACCGATGATGATgg < 4:252521/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATgg > 7:295421/1‑149 (MQ=255) aGCGAGGGCGCAGGGTATGCCGCCCGGGGCGGATACGGTGGGCGACCGGGTCGGGAAGACCTTGGGGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGt < 4:112292/149‑1 (MQ=255) gCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTc > 4:252489/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGaa < 5:13722/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCAGGGGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGATCGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGaa < 8:204364/149‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAg < 8:295421/149‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATgg < 7:354390/149‑1 (MQ=255) aTGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTg < 3:137069/148‑1 (MQ=255) gccgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGaa > 5:19638/1‑149 (MQ=255) ccgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAAt < 5:106203/149‑1 (MQ=255) cccTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCt < 1:57356/149‑1 (MQ=255) ggCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGc < 3:166903/147‑1 (MQ=255) ggATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATg > 8:215672/1‑148 (MQ=255) tACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATc < 6:19638/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTGCGATCGGGTCGGGAAGAGCTTGGTGACTAAGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATc < 5:13377/148‑1 (MQ=255) gtgtGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGa > 4:38408/1‑148 (MQ=255) gtgCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCACATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAc < 7:61832/149‑1 (MQ=255) gCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAccc > 4:290260/1‑149 (MQ=255) aaCGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCGTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAccc > 1:56516/1‑147 (MQ=255) gTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAAt < 4:321064/149‑1 (MQ=255) tCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATc > 5:211895/1‑149 (MQ=255) gggCAGACCTGGGTGACTACGGCACTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGGTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTg < 4:49171/149‑1 (MQ=255) gggAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTg < 4:222321/149‑1 (MQ=255) gAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGca < 4:87710/149‑1 (MQ=255) aaGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTgg > 2:58803/1‑110 (MQ=255) agtACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGaa < 4:59536/147‑1 (MQ=255) cTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGaa < 7:215672/148‑1 (MQ=255) gCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGc > 2:248772/1‑149 (MQ=255) ttGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TACGCGAACAt > 2:303800/1‑149 (MQ=255) ttGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACAt > 2:103385/1‑149 (MQ=255) gtgGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCg > 3:189191/1‑149 (MQ=255) gccgccTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCaa > 2:18247/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTg > 1:322942/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTg < 3:252489/148‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTg < 2:56516/148‑1 (MQ=255) cTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAgg < 3:290260/149‑1 (MQ=255) gcgcgcATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGc > 6:243163/1‑122 (MQ=255) gcgcgcATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGc < 5:243163/122‑1 (MQ=255) cgcgcATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGa < 6:211895/147‑1 (MQ=255) cATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCg < 4:14645/116‑1 (MQ=255) cATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCg > 3:14645/1‑116 (MQ=255) ccGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCg > 7:190546/1‑148 (MQ=255) cgccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGc < 1:103385/149‑1 (MQ=255) ccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGCCg > 1:193329/1‑148 (MQ=255) | GGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTC‑TTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAG‑TAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGCCG > NC_002947/4738183‑4738467 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |