Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,778,028 | C→T | 7.5% | G413G (GGG→GGA) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,778,028 | 0 | C | T | 7.5% | 152.0 / 2.4 | 53 | G413G (GGG→GGA) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
AGGTTACGCCAGTGCCGCGCCATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCTGG > NC_002947/4777882‑4778175 | agGTTACGCCAGTGCCGCGCCATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCGAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGccc > 3:233238/1‑149 (MQ=255) agGTTACGCCAGTGCCGCGCCATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGcc > 5:269425/1‑148 (MQ=255) cgcgCCATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGc > 8:270373/1‑148 (MQ=255) cATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACt > 3:80237/1‑147 (MQ=255) tCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGc > 4:345501/1‑149 (MQ=255) gTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTgg > 2:240015/1‑149 (MQ=255) ttCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCt < 3:345501/146‑1 (MQ=255) ttCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTgg < 6:245245/148‑1 (MQ=255) cgcgAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATggg < 7:104091/148‑1 (MQ=255) cATCGATGAGGTCAGTGGCATAGGTAAATGACGCTAACAGTCAATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGTCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTg < 5:205288/149‑1 (MQ=255) gagGTCAGTGGCTTAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTTGTGCTGCTGTCCAACTCCAGCCCACGCAACTGCAAGACACTGAGCTGGTCAAGTGCGTCGCTGGCacgtt > 8:122443/1‑145 (MQ=255) tCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTgcgc < 7:270373/149‑1 (MQ=255) aGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGc > 3:16695/1‑106 (MQ=255) aGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGc < 4:16695/106‑1 (MQ=255) gTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCtg > 5:27829/1‑149 (MQ=255) taattggTCAATGACGCGAAGAGCCCATGGGGGTGCTCTGTCGAGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCtggtg < 1:316210/144‑1 (MQ=255) gCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCtggtg < 4:13629/149‑1 (MQ=255) cATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTgg > 4:286008/1‑116 (MQ=255) cATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTgg < 3:286008/116‑1 (MQ=255) tAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGtt < 5:52466/149‑1 (MQ=255) tCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCTAACTGAGTGGTTCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGTGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGaa < 7:122443/148‑1 (MQ=255) aaTGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACAt > 4:321012/1‑149 (MQ=255) tGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCa < 6:269425/149‑1 (MQ=255) tGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGAGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCa > 1:145416/1‑149 (MQ=255) cgcgAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCt < 6:52936/149‑1 (MQ=255) tCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCg > 1:176232/1‑149 (MQ=255) cATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCtggtg < 7:353111/124‑1 (MQ=255) cATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCtggtg > 8:353111/1‑124 (MQ=255) ggCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACtg < 2:160902/148‑1 (MQ=255) aCGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCGCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCa < 5:230898/146‑1 (MQ=255) tCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTc > 2:316325/1‑149 (MQ=255) aaaGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCgg > 7:12073/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGaa < 6:27829/148‑1 (MQ=255) aCTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTcc < 8:12073/149‑1 (MQ=255) cTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAg > 1:150021/1‑108 (MQ=255) cTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAg < 2:150021/108‑1 (MQ=255) aGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAACTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTccac > 5:183720/1‑147 (MQ=255) tggtgCGGCTGTCCCACTCCAGTCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGc > 6:342243/1‑149 (MQ=255) tggtgCGGCTGTCCCACTCCAGTCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGc > 6:347964/1‑149 (MQ=255) ggtgCGGCTGTCCCACTCCAGTCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCt < 5:342243/149‑1 (MQ=255) gtgCGGCTGTCCCACTCCAGTCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCt < 5:347964/148‑1 (MQ=255) gCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGATGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCg > 4:324374/1‑148 (MQ=255) tCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACg < 3:321012/148‑1 (MQ=255) cccACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTc < 5:372903/115‑1 (MQ=255) cccACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTc > 6:372903/1‑115 (MQ=255) ccACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGt < 1:240015/148‑1 (MQ=255) cACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCAtg < 4:231990/105‑1 (MQ=255) cACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCAtg > 3:231990/1‑105 (MQ=255) aCTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAg > 2:376604/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGtt < 6:84001/115‑1 (MQ=255) tCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGtt > 5:84001/1‑115 (MQ=255) cAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCt > 7:360864/1‑149 (MQ=255) aGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCTg > 4:223525/1‑149 (MQ=255) gCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCTgg > 4:94591/1‑149 (MQ=255) gCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCTgg < 1:376604/149‑1 (MQ=255) | AGGTTACGCCAGTGCCGCGCCATCTGTTCGATGCGCGAGACATCGAAGAGGTCAGTGGCATAGGTCAATGACGCGAACAGTCCATCGGCGTGCTCACGGGTGTCCAAAGTCAGGTCGAACTGAGTGGTGCGGCTGTCCCACTCCAGCCCACGCACCTGCAAGCCACTGAGCTGGGCATGGGCGTCGCTGGCAGCTTGCGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGACTGTGGCTCATGCTGCGCTCCGGTTGAAGCGCCTCCACCAGCTGTTCGAACGGTAAGTCCTGG > NC_002947/4777882‑4778175 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |