| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,783,113 | C→T | 6.9% | V1401I (GTC→ATC) | pvdJ ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,783,113 | 0 | C | T | 6.9% | 173.4 / 2.3 | 58 | V1401I (GTC→ATC) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/25); new base T (2/2); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCGTGGCCTTCGAG > NC_002947/4782972‑4783260 | cGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGcc < 7:166571/149‑1 (MQ=255) cccTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCaa < 8:35461/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAAc > 1:165333/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAAc > 4:25994/1‑149 (MQ=255) gCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAActgc > 7:298343/1‑149 (MQ=255) tCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAActgctg > 5:7868/1‑149 (MQ=255) cTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCtt < 1:192107/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGAt < 4:237607/149‑1 (MQ=255) ccATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGttt > 6:239678/1‑149 (MQ=255) cATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTg < 3:25994/149‑1 (MQ=255) cATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTg < 3:16408/149‑1 (MQ=255) aTCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGa > 1:378367/1‑149 (MQ=255) aTCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGAGGTCCCGGCCaaa > 6:317217/1‑129 (MQ=255) aTCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGAGGTCCCGGCCaaa < 5:317217/130‑2 (MQ=255) tCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGAt > 2:168210/1‑149 (MQ=255) aaCTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCt < 8:298343/149‑1 (MQ=255) gCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCT‑‑GCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTg > 5:37410/1‑143 (MQ=255) gCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCT‑‑GCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTg < 6:37410/143‑1 (MQ=255) cGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGgccgc > 1:37217/1‑148 (MQ=255) gTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGAGGTCCCGGCCaaa > 7:112038/1‑111 (MQ=255) gTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGAGGTCCCGGCCaaa < 8:112038/112‑2 (MQ=255) gAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTgg > 2:205320/1‑147 (MQ=255) gAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTgg > 7:144537/1‑147 (MQ=255) tCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGgt > 3:38871/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGgtgt > 5:139027/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGgtg < 6:7868/148‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCGAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGgtgt > 8:339539/1‑147 (MQ=255) ccGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCa > 7:260963/1‑149 (MQ=255) cgcgGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAg > 5:167806/1‑149 (MQ=255) ggCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGAAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCgg > 6:113913/1‑149 (MQ=255) gCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCggg < 2:378367/149‑1 (MQ=255) cGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGaa > 6:70242/1‑147 (MQ=255) aGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGAc < 2:37217/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTgg < 7:321055/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGa < 6:167806/149‑1 (MQ=255) gcTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAAc < 5:70242/149‑1 (MQ=255) cGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTg < 2:245158/137‑1 (MQ=255) cGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTg > 1:245158/1‑137 (MQ=255) cGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGcc > 6:345569/1‑148 (MQ=255) aaCGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAAc > 3:237822/1‑149 (MQ=255) gcgGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGt < 5:113913/149‑1 (MQ=255) cgGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTg < 1:168210/149‑1 (MQ=255) gCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCg < 1:205320/149‑1 (MQ=255) cTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCgg < 2:165333/149‑1 (MQ=255) aGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACt > 4:126706/1‑119 (MQ=255) aGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACt < 3:126706/119‑1 (MQ=255) gTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCaggtcga < 5:239678/149‑1 (MQ=255) gTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCaggtc > 2:55901/1‑147 (MQ=255) cGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCaggtcgaggtc < 8:144537/149‑1 (MQ=255) gCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGaa > 1:71767/1‑147 (MQ=255) ccGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAg < 6:342943/149‑1 (MQ=255) gATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTcgc > 2:193998/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCgg < 2:64397/113‑1 (MQ=255) cTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCgg > 1:64397/1‑113 (MQ=255) cTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCg > 6:97976/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCg > 8:130589/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCGTg > 2:356228/1‑149 (MQ=255) gACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCGTGGCCTTCGa < 1:55901/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCGTGGCCTTCGAg > 4:286319/1‑148 (MQ=255) | CGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAGTTGAAGGTCACCCGCGGCTGCGGCAACGCAGCCAGGCGCTGGGCGAACGCGGCTTCGCCCAGGTAACGCAGCACGCCGTAACCGATACCTTTGGCCGGGACCTCGGCCAACTGCTGCTTGATGTGTTTGATGCTGGCCGCCACGCTTGGCAGCGGTGTCAGTTGCACCGGGAACAGACTGGTGAACCAGCCAACGGTGCGGCTCAGGTCGAGGTCGTCGAACAGGTCCTCGCGGCCGTGGCCTTCGAG > NC_002947/4782972‑4783260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |