| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,797,712 | T→C | 6.4% | I91V (ATC→GTC) ‡ | PP_4224 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,797,712 | 0 | T | C | 6.4% | 227.2 / 4.5 | 79 | I91V (ATC→GTC) ‡ | PP_4224 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/35); new base C (3/2); total (42/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
CTCCATGTGCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGACGCCACCAGG > NC_002947/4797566‑4797860 | cTCCATGTGCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGAtct > 3:121134/1‑149 (MQ=255) ccATGTGCCGGTCAGCCGTGGTGATGGGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCg > 1:202887/1‑149 (MQ=255) cATGTGCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGAtctc < 7:257751/147‑1 (MQ=255) gtgCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCAc > 5:312758/1‑149 (MQ=255) gtgCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCAc > 5:318016/1‑149 (MQ=255) ccGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACg > 8:51591/1‑147 (MQ=255) ccGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGATCCTCGCCagcaa < 7:55106/149‑5 (MQ=255) gTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCg < 8:156257/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCAAGCt > 7:325306/1‑149 (MQ=255) cGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCg > 7:248054/1‑133 (MQ=255) cGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCg < 8:248054/133‑1 (MQ=255) ggtgATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCt < 2:225682/149‑1 (MQ=255) gtgATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTg > 4:115081/1‑149 (MQ=255) aTGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGATCCTCGCCag < 1:249369/130‑2 (MQ=255) aTGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGATCCTCGCCag > 2:249369/1‑129 (MQ=255) cacaTCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGgcca < 3:115081/149‑1 (MQ=255) cacaTCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGgcca < 3:41580/149‑1 (MQ=255) cacaTCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCAGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGgcca > 8:17308/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGgccatgc < 7:51591/149‑1 (MQ=255) cGTGGTTGTAGTTACAGGTGGGCCAACGCGCATCGTCGATTGTCTGCGGAAGTACCCCGCTGCGCGCGTCGTCCTTGTCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCGGGCGAGGGTCTCGCGACGCAGCGAGGTGACCTGGCAGGCCATGCCATcc < 8:271459/149‑1 (MQ=18) tGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGAGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCgg > 5:185598/1‑149 (MQ=255) gTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTa < 8:106701/149‑1 (MQ=255) tAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGc < 2:2611/148‑1 (MQ=255) ggTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAgg < 2:171046/128‑1 (MQ=255) ggTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTg > 5:19337/1‑148 (MQ=255) gTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCAAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGaa < 8:325306/149‑1 (MQ=255) gTAAAGGTGCGCAAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGaa < 1:358752/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGt > 7:292131/1‑149 (MQ=255) cgcCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCgg < 6:149224/148‑1 (MQ=255) cAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAg > 2:234963/1‑148 (MQ=255) gcATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACACTGAACTGGTCGGCAGAAAAATg < 2:202887/149‑1 (MQ=255) cATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATgc < 6:312758/149‑1 (MQ=255) cATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATgc < 6:318016/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCAGAACTGGTCGGCAGAAAAATgcg < 4:121134/149‑1 (MQ=255) tcgtcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATgc < 5:235070/147‑1 (MQ=255) tcgtcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATgc > 6:235070/1‑147 (MQ=255) cgtcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGcc > 2:102820/1‑149 (MQ=255) gtcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCt < 1:234963/149‑1 (MQ=255) tcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTc > 1:49004/1‑149 (MQ=255) tcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTc > 2:20690/1‑149 (MQ=255) tcgATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTc > 8:16860/1‑149 (MQ=255) gATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCt < 1:349023/90‑1 (MQ=255) gATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCt > 2:349023/1‑90 (MQ=255) aTGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGTTCGGCAGAAAAATGCGCCTcccc > 6:126159/1‑149 (MQ=255) ggtcACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGc < 8:250154/111‑1 (MQ=255) ggtcACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGc > 7:250154/1‑111 (MQ=255) gtcACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGc > 2:126283/1‑76 (MQ=255) gtcACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGc < 1:126283/76‑1 (MQ=255) aCGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg < 1:20690/148‑1 (MQ=255) gAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGgcc > 2:150099/1‑89 (MQ=255) gAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGt > 3:34778/1‑148 (MQ=255) aaaCCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCa < 1:102820/149‑1 (MQ=255) cGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGc > 8:120304/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGAACTCGCCACGCCGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGAACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCt > 4:375310/1‑149 (MQ=255) cTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCgg < 8:218556/109‑1 (MQ=255) cTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCgg > 7:218556/1‑109 (MQ=255) cTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTg > 1:84710/1‑149 (MQ=255) gcTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCgg > 5:245420/1‑148 (MQ=255) cgtcgtCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGt < 7:17308/149‑1 (MQ=40) gtcCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGt < 2:84710/149‑1 (MQ=255) ccATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGc > 8:222851/1‑137 (MQ=37) ccATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGc < 7:222851/137‑1 (MQ=37) ccATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTc > 6:376970/1‑148 (MQ=255) ccATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTc > 2:118181/1‑148 (MQ=255) cATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCg < 6:19337/148‑1 (MQ=255) aTGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGG‑GGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGAt > 7:253258/1‑148 (MQ=255) tGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATc < 2:49004/149‑1 (MQ=255) cgcCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGc < 6:185598/149‑1 (MQ=39) gcCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg < 5:183891/118‑1 (MQ=35) gcCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg > 6:183891/1‑118 (MQ=35) ccATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg > 7:41921/1‑117 (MQ=35) ccATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg < 8:41921/117‑1 (MQ=35) gtgGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATAc > 1:146614/1‑149 (MQ=39) gTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg > 3:36051/1‑103 (MQ=35) gTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCg < 4:36051/103‑1 (MQ=35) gCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGcc > 4:336236/1‑148 (MQ=39) gtGGCGAGATCCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGa > 1:261967/2‑149 (MQ=255) gtGGCGAGATCCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGa > 8:234842/2‑149 (MQ=255) tGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGAc > 2:322362/1‑149 (MQ=39) gCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCg < 2:176593/120‑1 (MQ=255) gCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCg > 1:176593/1‑120 (MQ=255) tctcGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGACGCCACCAgg > 7:290714/1‑149 (MQ=255) | CTCCATGTGCCGGTCAGCCGTGGTGATGCGCACATCGCCGTGGTTGTAGGTAAAGGTGCGCCAAAGCGCATCGTCGATGGTCTGGTCACGAAACCCGCTGCGCTCGTCGTCCATGGCGCCATCGTGCTTGTGGTTGCTGGCGAGGATCTCGCCACGCAGCGAGCTGACCTGGCAGGCCATGCCATCCGGTACGCTGAACTGGTCGGCAGAAAAATGCGCCTCCCCGCCCTTGGCGGTCAGCGGCTGCGGCAGTTGGTCGATCAGCCCGGCGACCATACGCGCCGACGCCACCAGG > NC_002947/4797566‑4797860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |