Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,809,122 | G→C | 8.8% | S226T (AGC→ACC) | dsbD‑II → | thiol/disulfide interchange protein 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,809,122 | 0 | G | C | 8.8% | 168.2 / 4.8 | 56 | S226T (AGC→ACC) | dsbD‑II | thiol/disulfide interchange protein 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/29); new base C (2/3); total (24/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 |
CGATGCTGCCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGCAAGGTACCCG > NC_002947/4808981‑4809269 | cGATGCTGCCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAg > 2:192088/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGc < 4:282310/149‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCAGCAGGCTGGCACCCAGCAggg < 3:360831/149‑2 (MQ=255) ctgcCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCt < 4:239092/148‑1 (MQ=255) tgcCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTgg > 6:153128/1‑149 (MQ=255) tgcCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTgg < 2:54227/149‑1 (MQ=255) ccGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCt > 7:51635/1‑149 (MQ=255) ccGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCt > 6:105691/1‑149 (MQ=255) ggATCGTTGCGGGGGTGGTGGGGGGAAATGGCGCATGTGCCGGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTg < 2:376599/148‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTgcag > 1:296869/1‑148 (MQ=255) cTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGCCAGGCCTgcagg < 4:25003/148‑2 (MQ=255) ggCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTgg < 7:27584/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTggg < 5:24672/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTggg < 6:151631/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAATGGCGCCAGGGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTggg < 8:343269/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTg > 7:283562/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCCGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCCCAGCAGccag < 2:196274/149‑3 (MQ=255) ggCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGc > 4:48525/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCAGGCTGCCCAGCAGCCAgggt < 2:139982/149‑3 (MQ=255) cAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGc < 1:192088/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGc > 3:186403/1‑149 (MQ=255) gTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTg > 7:114289/1‑149 (MQ=255) agtgccGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTg > 5:162678/5‑149 (MQ=255) ccGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGCGTGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTCATGGGTGCCAGCCTGCAGGCATGGCTCCAGCAACCATGGCTGCTGGGCAGCATGGCGGGGCTGTTc > 1:108415/1‑149 (MQ=255) gcgcGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGtgc > 4:353290/1‑149 (MQ=255) ggctggctGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCAGGCTGGCACCCAGCAgg > 2:34657/1‑94 (MQ=255) ggctggctGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GCTTGCTGCCCTGCAGGCTGGCACCCAGCAgg < 1:34657/94‑1 (MQ=255) gctgctGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGccc > 2:338705/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTg > 8:167951/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTg > 1:371716/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCAGGCTGGCACCCAGCAgggc > 6:93495/1‑87 (MQ=38) tgctgGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCAGGCTGGCACCCAGCAgggc < 5:93495/89‑3 (MQ=38) ctgGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTg < 3:353290/147‑1 (MQ=255) gCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGa < 4:340471/148‑1 (MQ=255) ggTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCg < 2:296869/149‑1 (MQ=255) 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tgCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCGGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCtt < 6:298346/148‑1 (MQ=255) cATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGTAGGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCCGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCACCCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGaactg > 1:34698/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGaactgcaactgc < 6:12903/149‑1 (MQ=255) gtgtACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGccc < 3:14848/112‑1 (MQ=255) gtgtACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGccc > 4:14848/1‑112 (MQ=255) tGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGAc > 8:129114/1‑149 (MQ=255) gtTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGa < 3:335411/149‑1 (MQ=255) tgcCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACcgcg > 3:347069/1‑149 (MQ=255) cccTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGcc < 3:48525/149‑1 (MQ=255) ctgctgGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGaactgcaactgc < 7:307338/115‑1 (MQ=255) ctgctgGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGaactgcaactgc > 8:307338/1‑115 (MQ=255) tgctgGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCggg > 2:165491/1‑149 (MQ=255) tgGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGc > 1:364667/1‑147 (MQ=255) ggTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGTTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGCAAg < 8:51635/148‑1 (MQ=255) ggTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGCAAgg < 1:338705/149‑1 (MQ=255) aGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGCAAGGTACCCg < 5:105691/149‑1 (MQ=255) | CGATGCTGCCGATCCTTGCCGGGCTGGTGCTGGGCAATGGCGCCAGTGCCCGGCGCGGCTGGCTGCTGGCCGGGGTCTATGTGCTGAGCATGGCCCTGGTGTACGC‑CGGGCTGGGGGT‑GGTTGCTGCCCTGCTGGGTGCCAGCCTGCAGGCCTGGCTGCAGCAACCCTGGCTGCTGGGCAGCCTGGCGGGGCTGTTCGTGCTGCTGGCCCTGCCGATGTTCGGCGTCTTCGAACTGCAACTGCCTGCCGCCCTGCGCGACCGCCTGGACCGCGCCGGGCAAGGTACCCG > NC_002947/4808981‑4809269 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |