Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,897,900 | T→A | 6.6% | K215M (AAG→ATG) | PP_4306 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,897,900 | 0 | T | A | 6.6% | 182.1 / 2.1 | 60 | K215M (AAG→ATG) | PP_4306 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/28); new base A (2/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
CACCGTCCCGCCTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAATCGCTGCCACAGAAAAG > NC_002947/4897752‑4898046 | cACCGTCCCGCCTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACt > 1:302448/1‑149 (MQ=255) cACCGTCCCGCCTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACt < 1:306641/149‑1 (MQ=255) ccGTCCCGCCTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTg < 6:51227/149‑1 (MQ=255) ccTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTc < 3:92401/149‑1 (MQ=255) cTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGGAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGccc > 3:233221/1‑149 (MQ=255) aacaacTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAg > 2:157389/1‑149 (MQ=255) aacTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACATGAACAGTTCATGCCCCAGGTa > 3:12348/1‑149 (MQ=255) aacTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACATGAACAGTTCATGCCCCAGGTa > 1:137611/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGc > 2:44577/1‑149 (MQ=255) ggCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCAc < 2:302448/149‑1 (MQ=255) cgcAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATg > 4:55270/1‑148 (MQ=255) tGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTg < 2:155645/144‑1 (MQ=255) tGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGcc < 5:238511/147‑1 (MQ=255) tAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGt > 7:262470/1‑105 (MQ=255) tAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGt < 8:262470/105‑1 (MQ=255) aaTCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGc > 3:375724/1‑110 (MQ=255) aaTCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGc < 4:375724/110‑1 (MQ=255) cTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGaa > 5:380374/1‑96 (MQ=255) cTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGaa < 6:380374/96‑1 (MQ=255) gTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGa < 6:278157/91‑1 (MQ=255) gTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGa > 5:278157/1‑91 (MQ=255) cacaAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGGCGTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTcc > 1:33813/1‑149 (MQ=255) cacaAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGTCGATGGTTGTccc > 6:263837/1‑149 (MQ=255) caAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAg < 6:102226/100‑1 (MQ=255) caAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAg > 5:102226/1‑100 (MQ=255) aaaGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAg < 6:378704/99‑1 (MQ=255) aaaGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAg > 5:378704/1‑99 (MQ=255) aGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCg < 3:145671/145‑1 (MQ=255) aGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCg > 4:145671/1‑145 (MQ=255) cACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCcgc > 7:49018/1‑146 (MQ=255) cACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCcgc < 8:49018/146‑1 (MQ=255) aCGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGa > 8:185374/1‑147 (MQ=255) ggAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCACGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGcc > 6:86863/1‑149 (MQ=255) gAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGcc > 4:55305/1‑148 (MQ=255) gcgg‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGcc < 3:55270/149‑1 (MQ=255) gTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGt < 1:157389/149‑1 (MQ=255) cGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTcc < 7:185374/149‑1 (MQ=255) gatgatgatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTcc < 6:286584/148‑1 (MQ=255) atgatgatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTgg > 1:124037/1‑139 (MQ=255) atgatgatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTgg < 2:124037/139‑1 (MQ=255) atgatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACATGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATCCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGtt < 4:12348/149‑1 (MQ=255) tgatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACATGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGtt < 2:137611/148‑1 (MQ=255) gatCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTca > 3:50344/1‑149 (MQ=255) aGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTcaccac < 5:263837/149‑1 (MQ=255) aGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTcaccac < 3:55305/149‑1 (MQ=255) aGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTcaccac < 4:233221/149‑1 (MQ=255) ggTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCaccacc > 6:157071/1‑149 (MQ=255) gTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGcc > 6:215828/1‑130 (MQ=255) gTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGcc < 5:215828/130‑1 (MQ=255) tCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAg > 3:133935/1‑89 (MQ=255) tCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAg < 4:133935/89‑1 (MQ=255) tACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCt > 5:92358/1‑148 (MQ=255) aCGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCt > 4:222057/1‑147 (MQ=255) cACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAAt > 3:202442/1‑147 (MQ=255) cACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAAt < 4:202442/147‑1 (MQ=255) ccccACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAATCGCTGCca < 1:44577/148‑1 (MQ=255) cccACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCt < 3:354855/120‑1 (MQ=255) cccACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCt > 4:354855/1‑120 (MQ=255) ccACGAGTTGAACAGTTCATGCCACAGTTACGCCACCCTTTATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTGACAACCTGCTCatc < 8:309686/126‑3 (MQ=255) ccACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACACGTGATGCAACGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCAGCGAAAGCGCCGACATGGCCAAGACCAGGTTCACCACATGCTCAgc > 7:309686/1‑126 (MQ=255) aCGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAATCGCTGCCACAGa > 4:119485/1‑148 (MQ=255) aCTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAATCGCTGCCACAGAAAAg < 3:222057/149‑1 (MQ=255) | CACCGTCCCGCCTTCGCTCAACAACTCCGGCAAACGCCGCAGGATCTTTGCGTAATCCTGGGTCAGCACAAAGCTGCCACGCTGGAAGGTCGGCGG‑GTCGATGATGATCAGGTCATACGGCCCGTACTTGCGCACCTTGCCCCACGACTTGAACAGTTCATGCCCCAGGTACGCCACCCGTGATGCATCGTGGCCATTGAGGCGATGGTTGTCCCGGCCCCGCGACAGCGCCGACTTGGCCATGTCCAGGTTCACCACCTGCTCAGCGCCACCGGCAATCGCTGCCACAGAAAAG > NC_002947/4897752‑4898046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |