| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,931,195 | A→G | 5.8% | S59P (TCC→CCC) | cheY ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,931,195 | 0 | A | G | 5.8% | 257.8 / 3.9 | 87 | S59P (TCC→CCC) | cheY | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/41); new base G (2/3); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCATCGTCGA > NC_002947/4931051‑4931342 | tgcaCGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATTCCGGACATg > 4:240336/4‑149 (MQ=255) aaCGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGcc < 6:109541/149‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTCTCGCGGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGCCATGcc > 7:127220/1‑149 (MQ=255) aCGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGATATGccc < 1:98055/149‑1 (MQ=255) ggCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCgg > 1:251084/1‑149 (MQ=255) ggCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATCATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCgg > 8:20496/1‑149 (MQ=255) gcctGACCACATAACCAATGACCCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGCTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGc < 8:127220/146‑1 (MQ=255) gCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGc < 2:213988/149‑1 (MQ=255) gACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGGCATGTCCGGCAtc < 8:321494/148‑2 (MQ=255) aCCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGGCATGTCCGGCAtcg < 1:132794/148‑3 (MQ=255) aCCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGt < 5:137725/148‑1 (MQ=255) ccACATAACCATTGACGCCATCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGTTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACTCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc < 6:37465/149‑1 (MQ=255) acaTAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc > 1:368842/1‑147 (MQ=255) aCCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCgg < 7:339010/149‑1 (MQ=255) cATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTc < 3:335141/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc < 1:325699/139‑1 (MQ=255) aTTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc > 2:325699/1‑139 (MQ=255) aCGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTc < 7:188658/144‑1 (MQ=255) 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ggCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTa < 5:105525/147‑1 (MQ=255) gCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc > 7:219285/1‑123 (MQ=255) gCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc < 8:219285/123‑1 (MQ=255) gCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGAcc > 4:116613/1‑149 (MQ=255) cTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCg > 6:164553/1‑149 (MQ=255) ttCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGc < 2:86149/112‑1 (MQ=255) ttCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGc > 1:86149/1‑112 (MQ=255) ttCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGt > 5:9688/1‑149 (MQ=255) aaTGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGtttt < 6:9688/149‑1 (MQ=255) aTGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTc < 3:214699/149‑1 (MQ=255) aTGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTc < 4:363601/149‑1 (MQ=255) gATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTc > 1:240532/1‑147 (MQ=255) ctCTGGTCGCGCTTGGCTTGAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGTCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGGCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑Ca < 8:254050/147‑1 (MQ=255) aTCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑Ca < 4:64728/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCa > 3:205979/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATc > 3:331962/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCg > 3:321295/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCg > 7:73127/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCg > 6:240348/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGc > 4:363343/1‑148 (MQ=255) ggCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGc < 2:251084/147‑1 (MQ=255) gCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCg < 6:216146/148‑1 (MQ=255) 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cGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTtga < 3:116613/148‑1 (MQ=255) gcagcaGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGTAACAGGTTCTtgat > 2:29563/1‑148 (MQ=255) cagcagGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTtgatga < 5:240348/149‑1 (MQ=255) agGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACa > 7:205710/1‑133 (MQ=255) agGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACa < 8:205710/133‑1 (MQ=255) gaacaTGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATccgcc > 8:247657/5‑149 (MQ=255) gTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGTAACAGGTTCTTGATGATccgcc < 1:29563/149‑1 (MQ=255) gTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATccgcc > 1:268159/1‑149 (MQ=255) cGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATccgccg > 1:377795/1‑148 (MQ=255) cGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATccgccg > 3:37465/1‑148 (MQ=255) gATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCa < 4:37465/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTtgat > 4:329186/1‑136 (MQ=255) tGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTtgat < 3:329186/136‑1 (MQ=255) cGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTg > 5:361143/1‑101 (MQ=255) cGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTg < 6:361143/101‑1 (MQ=255) aCATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCATCGTCGa > 5:312035/1‑148 (MQ=255) | TGAACGGCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGC‑TTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTC‑CAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCATCGTCGA > NC_002947/4931051‑4931342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |