| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,607 | C→A | 6.2% | Q31H (CAG→CAT) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,607 | 0 | C | A | 6.2% | 256.5 / 5.6 | 80 | Q31H (CAG→CAT) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/39); new base A (3/2); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
CAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACC > NC_002947/4958459‑4958755 | cAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCCCATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCAcc > 5:381962/1‑149 (MQ=255) gAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTg > 6:287058/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCG‑GCACATggg < 8:96621/149‑1 (MQ=255) ccgccgCCCCGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCCCA‑GCACCTGGGc < 8:357112/149‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCG‑GCACATgg < 8:175724/144‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCG‑GCACATgg > 7:175724/1‑144 (MQ=255) cccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATc < 5:375221/149‑1 (MQ=255) cccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATc > 3:9672/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGcc > 1:125105/1‑143 (MQ=255) ccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGcc < 2:125105/143‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCg < 5:37495/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCG‑GCACATGGGcccgaag > 3:358300/1‑143 (MQ=255) cAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCCCACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCgg > 6:44289/1‑149 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGc < 6:89525/148‑1 (MQ=255) acgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCag < 6:288229/149‑1 (MQ=255) cgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGCGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCTGGGCgagaccgat < 5:253579/149‑6 (MQ=255) gaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga < 5:44289/149‑1 (MQ=255) tGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTgg < 7:205484/116‑1 (MQ=255) tGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTgg > 8:205484/1‑116 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCATTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCACGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑cg > 3:67936/1‑149 (MQ=255) cgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑cgcc < 4:9672/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑cgccgc < 6:369741/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATAGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑cgccgc > 8:141578/1‑149 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgaga < 7:82309/130‑1 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgaga > 8:82309/1‑130 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCtt > 7:199474/1‑149 (MQ=255) gCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCtt < 2:252843/147‑1 (MQ=255) gCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGt < 4:128935/149‑1 (MQ=255) catcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGa > 7:319446/1‑149 (MQ=255) atcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGa < 7:330793/148‑1 (MQ=255) caCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCACGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCa < 1:62287/126‑1 (MQ=255) caCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCa > 2:62287/1‑125 (MQ=255) gTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCt > 4:126242/1‑148 (MQ=255) gTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCt > 2:232435/1‑148 (MQ=255) ttCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCa < 7:141578/149‑1 (MQ=255) cTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTggg < 2:312553/86‑1 (MQ=255) cTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTgg > 7:174050/1‑149 (MQ=255) ggTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg < 8:174050/149‑1 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg < 1:232435/149‑1 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGc < 3:214703/147‑1 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGc > 4:214703/1‑147 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg < 4:87581/148‑1 (MQ=255) tCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 2:65875/1‑148 (MQ=255) cGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc > 5:82877/1‑149 (MQ=255) cGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc < 5:287058/149‑1 (MQ=255) gTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACgg > 2:284368/1‑149 (MQ=255) accttGCCCACCTGCGCCCTGGCCCCACCCACCCGCTGCACTCCCTTCGGGCCCAAGGGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGACTCGCCCAGCGAGAGCAGCAGGAT‑CGCCGCCTGGTCGACGCGGCTCAGCCTGGCGGTAACGGcgcg < 4:67936/146‑1 (MQ=255) caTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg < 6:287096/137‑1 (MQ=255) caTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg > 5:287096/1‑137 (MQ=255) cccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATc < 3:126242/149‑1 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCa > 6:73688/1‑149 (MQ=255) gcgcCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATc > 4:96778/1‑149 (MQ=255) cgcCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACgg < 6:142770/131‑1 (MQ=255) cgcCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACgg > 5:142770/1‑131 (MQ=255) tGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGtt < 6:82877/149‑1 (MQ=255) gCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGa < 3:96778/149‑1 (MQ=255) accaccccccGCTCCACTTCGTTCGGGCCACTGTTCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATGTGTCTCGCCCAGCGCGAGCAGGAGGAT‑CTCCGCCTTGGCGACGCGTGTCAGCTTGGCGGTAACGTCTCGGTTATGACTCATCGGCGTTGATcc < 8:319771/142‑1 (MQ=255) acacCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATc > 1:201568/1‑148 (MQ=255) cacccaccCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATc > 5:378473/1‑147 (MQ=255) acccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg > 5:52744/1‑124 (MQ=255) acccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 6:52744/124‑1 (MQ=255) cccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGt > 2:230923/1‑149 (MQ=255) ccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTc > 1:218666/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 8:319446/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGt > 6:284717/1‑135 (MQ=255) ccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGt < 5:284717/135‑1 (MQ=255) ccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTc < 1:65875/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCACCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTc < 1:284368/149‑1 (MQ=255) cGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGTGAGAGCAGGAGGAT‑TGTTGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa < 1:308501/149‑1 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCACCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGAcccgg > 5:7235/1‑146 (MQ=255) ccttcGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGc > 4:204109/1‑149 (MQ=255) ttcGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGAAGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGGTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCca > 6:382285/1‑149 (MQ=255) gggCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCcaca < 6:378473/148‑1 (MQ=255) ggCCCATGTGCCGCA‑GCACCTAGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACg > 7:157741/1‑149 (MQ=255) aTGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCg > 2:56634/1‑149 (MQ=255) tgtgCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCTAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 1:230923/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 2:218666/149‑1 (MQ=255) gtgCTGCG‑GCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCggg > 4:215573/1‑149 (MQ=255) gca‑gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTc > 4:51025/1‑149 (MQ=255) gca‑gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑AGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCACCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGCCGATGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGACTTc > 6:380877/1‑149 (MQ=255) caCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGcc > 7:218004/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCCGCTTCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGccac < 5:380877/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGccacc < 2:201568/149‑1 (MQ=255) | CAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCA‑GCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGAT‑CGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACC > NC_002947/4958459‑4958755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |