| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 462,593 | T→A | 8.5% | intergenic (‑129/+12) | pqqF ← / ← davA | coenzyme PQQ synthesis protein F/5‑aminopentanamidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 462,593 | 0 | T | A | 8.5% | 231.0 / 10.2 | 82 | intergenic (‑129/+12) | pqqF/davA | coenzyme PQQ synthesis protein F/5‑aminopentanamidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/41); new base A (4/3); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
GCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATGGCCAGCAAG > NC_002947/462447‑462737 | gCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAg > 7:350625/1‑149 (MQ=255)gCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAg > 6:149090/1‑149 (MQ=255) gCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTAGGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGccc < 8:205634/148‑1 (MQ=255) tCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCTATGCGGcccattc < 7:97556/149‑5 (MQ=255) aGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGCTATGCGGcccattcgc < 5:377816/149‑7 (MQ=255) ggggCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTa < 6:348625/149‑1 (MQ=255) cGGTGTCTGCTCTCCATGCTTACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGGCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGGATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAg < 5:288631/147‑1 (MQ=255) cGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAg < 8:8650/147‑1 (MQ=255) cGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGt > 2:112985/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGt > 3:198236/1‑149 (MQ=255) gTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTg > 4:184975/1‑148 (MQ=255) tcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTg < 5:548/147‑1 (MQ=255) tcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTg < 3:139506/147‑1 (MQ=255) tcCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGgc > 6:268531/1‑149 (MQ=255) ccATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGgcg > 2:124039/1‑149 (MQ=255) cATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTgg < 4:367600/146‑1 (MQ=255) cATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGgcg > 6:390499/1‑148 (MQ=255) gCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTc < 6:188519/139‑1 (MQ=255) gCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTc > 5:188519/1‑139 (MQ=255) tAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATc > 1:118724/1‑149 (MQ=255) aaCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑g > 8:303559/1‑149 (MQ=255) aaCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑g > 6:309540/1‑149 (MQ=255) aaCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑g > 2:277891/1‑149 (MQ=255) aCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGc > 3:169235/1‑130 (MQ=255) aCCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGc < 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gATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTg > 4:234249/1‑126 (MQ=255) gtttgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTa > 3:128358/1‑113 (MQ=255) gtttgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTa < 4:128358/113‑1 (MQ=255) tgCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑ggg > 3:310473/1‑148 (MQ=255) gCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGa > 3:279270/1‑148 (MQ=255) gCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGa > 7:35917/1‑148 (MQ=255) 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ggCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTg < 4:134704/149‑1 (MQ=255) cTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTgcgc < 1:343129/149‑1 (MQ=255) ttttCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGcc > 3:3151/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGcccc < 3:85966/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCt < 5:149090/148‑1 (MQ=255) gcgGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTg < 8:35917/148‑1 (MQ=255) gggTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTGcac > 5:389407/1‑149 (MQ=255) gggTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTGcac < 4:279270/149‑1 (MQ=255) tATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTGcaccac > 6:117525/1‑149 (MQ=255) tGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAACCGCCCTGCGCCCCTGCACCAccc > 6:266405/1‑149 (MQ=255) 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GCGGATGGCGTCAGGCATGGGGGCTCCGGTGGCTGCTCTCCATGCTAACCGATTTGTTTGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTATGGCGCCGGTATGAAAGGCAGCGCAAATCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGCCGCATAGCGGCCCCTGTCAGCCTTTACGCAGGTGCAGCTCCTGGCGCAAATC‑GGTCAGGTA‑‑GGGAAACGCCCTGCGCCCCTGCACCACCCGCTCATGCTCGAGCTCTGCCAACAACTGGCACTCATCCCGCCCGGCCATGGCCAGCAAG > NC_002947/462447‑462737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |