| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,651,374 | 0 | T | G | 10.0% | 255.7 / 17.6 | 90 | intergenic (‑182/+31) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/43); new base G (6/3); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
CGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGA > NC_002947/5651227‑5651520 | cGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAt < 5:391354/148‑1 (MQ=255) ggATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc > 2:204553/1‑149 (MQ=255) gATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc < 2:252211/148‑1 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCgg < 4:172572/149‑1 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCgg > 7:46462/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt > 7:339057/1‑149 (MQ=255) cATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAATAATGTACGGTACCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt > 1:112656/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt < 7:117833/149‑1 (MQ=255) 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caatCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTggcgg < 8:363201/148‑1 (MQ=255) cAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAt > 6:7241/1‑128 (MQ=255) cAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAt < 5:7241/128‑1 (MQ=255) aCGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAGCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCAc > 6:94107/1‑149 (MQ=255) gCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg > 4:25545/1‑135 (MQ=255) gCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg < 3:25545/135‑1 (MQ=255) tCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTc < 1:204553/148‑1 (MQ=255) tCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCa < 6:37175/149‑1 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 2:99231/1‑149 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 2:36031/1‑149 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 3:163499/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |