Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,651,377 | C→A | 9.9% | intergenic (‑185/+28) | PP_4959 ← / ← fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,651,377 | 0 | C | A | 9.9% | 246.2 / 14.7 | 90 | intergenic (‑185/+28) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/43); new base A (6/3); total (44/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.14e-01 |
GGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGA > NC_002947/5651232‑5651520 | ggATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc > 2:204553/1‑149 (MQ=255) gATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc < 2:252211/148‑1 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCgg < 4:172572/149‑1 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCgg > 7:46462/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt > 7:339057/1‑149 (MQ=255) cATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAATAATGTACGGTACCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt > 1:112656/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt < 7:117833/149‑1 (MQ=255) gTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCa < 5:194118/149‑1 (MQ=255) gTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGttttttt < 5:14593/149‑3 (MQ=255) tACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg > 6:57683/1‑149 (MQ=255) tctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTAGAAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGACGACTAACGGACCGTCTGCCGGAATTATGTACATGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGCGTTTTACAggtt > 1:265311/1‑147 (MQ=255) cTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTc > 3:128066/1‑137 (MQ=255) cTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTc < 4:128066/137‑1 (MQ=255) 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cAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAt > 6:7241/1‑128 (MQ=255) cAGAACGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAt < 5:7241/128‑1 (MQ=255) aCGCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAGCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCAc > 6:94107/1‑149 (MQ=255) gCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg < 3:25545/135‑1 (MQ=255) gCTATCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg > 4:25545/1‑135 (MQ=255) tCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTc < 1:204553/148‑1 (MQ=255) tCAATGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCa < 6:37175/149‑1 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 2:99231/1‑149 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 3:163499/1‑149 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAgg > 2:36031/1‑149 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAg < 8:55832/148‑1 (MQ=255) aaTGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAg < 8:339057/148‑1 (MQ=255) tGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGttttttt < 8:124968/99‑3 (MQ=255) tGATCAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGttttttt > 7:124968/1‑97 (MQ=255) cAA‑ACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcgc > 6:301501/1‑149 (MQ=255) aa‑aCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTGAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGTCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCt < 2:265311/149‑1 (MQ=255) a‑aCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg > 3:283886/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |