Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,667,259 | A→C | 9.1% | intergenic (+37/+34) | nhaP → / ← PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,667,259 | 0 | A | C | 9.1% | 148.0 / 3.2 | 53 | intergenic (+37/+34) | nhaP/PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/26); new base C (3/2); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGT > NC_002947/5667115‑5667406 | gAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTTCAccc > 6:374621/1‑149 (MQ=255) aCGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCC‑GGCTTGAGAATTCCCGGGCCGCATTTCCGCCCATTACCCGGGTGACCCcg > 2:220873/1‑148 (MQ=255) ggACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCGTT‑CGCGGGTGAACCCGCGaa < 1:247029/149‑1 (MQ=255) ggACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTTCACCCGCGaa < 5:374621/149‑1 (MQ=255) tgctgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGc > 6:502/1‑149 (MQ=255) ctgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCg < 4:114101/149‑1 (MQ=255) tgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGa > 8:177848/1‑132 (MQ=255) tgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGa < 7:177848/132‑1 (MQ=255) gctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCgg > 6:205671/1‑148 (MQ=255) ctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCgg < 7:234890/147‑1 (MQ=255) tCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCaa > 5:368795/1‑149 (MQ=255) aCCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAAc < 2:12510/148‑1 (MQ=255) ccTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAAc > 5:166049/1‑147 (MQ=255) cATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAgg < 1:178116/147‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCAGCTTTTCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTa > 3:59269/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGcc > 8:335185/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGcc > 8:242070/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGcc > 6:244794/1‑149 (MQ=255) gtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGa < 2:3979/142‑1 (MQ=255) gtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGa > 1:3979/1‑142 (MQ=255) gtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCg > 2:279102/1‑148 (MQ=255) gtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGa < 7:165985/149‑1 (MQ=255) tcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCg < 6:175070/140‑1 (MQ=255) tcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCg > 5:175070/1‑140 (MQ=255) tcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGaa > 5:23493/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTGCTGGGGTTGAGCATTGGGCGGGGGGTGCGCAAGGGCAGCGCCCAGCCTTGAGATTGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCg < 2:300358/149‑1 (MQ=255) ggTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGa > 2:61759/1‑148 (MQ=255) gTGCAGGGGTTGAGCAGTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAAc < 2:118616/149‑1 (MQ=255) tGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACt > 1:375244/1‑149 (MQ=255) atcATTGGGCGGGTTGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGTATGCCGGGGCCGCTTTTCGGCCAATT‑CGCGTGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCAc < 4:59269/146‑1 (MQ=255) aGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACg < 7:335185/149‑1 (MQ=255) aGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACg > 8:12438/1‑149 (MQ=255) gtggtgCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCg < 6:185467/149‑1 (MQ=255) tggtgCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCgg < 5:205671/149‑1 (MQ=255) aGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGCAACCAGTGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCAt < 6:305215/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATggg < 7:12438/149‑1 (MQ=255) aGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCt < 6:23493/149‑1 (MQ=255) gcgcCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTg < 5:244794/149‑1 (MQ=255) cgcCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGc < 1:279102/149‑1 (MQ=255) gcCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTTTTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGcc < 4:92436/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCCTGGGCTGCCgg > 5:265279/1‑149 (MQ=255) ccAGCCTTGAGAATGCCGGGGCAGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGTTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCTCCCATGGGCTGCCgg > 7:55752/1‑149 (MQ=255) cTTGAGTATTCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGc < 6:265279/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATcc > 7:135944/1‑147 (MQ=255) ctgtgccGGCCTCTT‑CGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGa > 8:318246/7‑149 (MQ=38) tGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGa < 2:375244/148‑1 (MQ=255) ggcctctt‑CGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAacac < 7:318246/143‑1 (MQ=255) cccATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACAcc > 8:66008/1‑148 (MQ=255) cATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAAGTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATc < 7:242070/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTg > 3:207219/1‑93 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTg < 4:207219/93‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGt < 7:66008/148‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTc > 4:100316/1‑149 (MQ=255) gTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 6:368795/149‑1 (MQ=255) tGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAg > 3:150954/1‑149 (MQ=255) aaCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGt < 4:150954/148‑1 (MQ=255) aaCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGt > 8:247012/1‑148 (MQ=255) | GAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATT‑CGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACAGT > NC_002947/5667115‑5667406 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |