| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,688,520 | T→A | 6.5% | Q149L (CAG→CTG) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,688,520 | 0 | T | A | 6.5% | 280.1 / 6.2 | 91 | Q149L (CAG→CTG) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/40); new base A (4/2); total (49/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCTGGCG > NC_002947/5688372‑5688665 | cGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCt > 8:90798/1‑149 (MQ=255) aGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAg < 1:306110/149‑1 (MQ=255) ggATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGc < 2:47962/149‑1 (MQ=255) cGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAg < 4:362371/149‑1 (MQ=255) tCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCAc > 7:349750/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGc > 6:12705/1‑146 (MQ=255) cGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGc < 5:12705/146‑1 (MQ=255) ggCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACg < 2:235323/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt > 4:20205/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt > 5:148494/1‑149 (MQ=255) ccAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTc > 6:236724/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg < 8:29936/143‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg > 7:29936/1‑143 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCt < 8:349750/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGCCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTg > 8:265741/1‑149 (MQ=255) ccACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg < 1:322254/130‑1 (MQ=255) ccACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg > 2:322254/1‑130 (MQ=255) cGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCgg > 5:105606/1‑149 (MQ=255) aTTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTTGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCtt < 3:20205/147‑1 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTc < 5:75154/116‑1 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTc > 6:75154/1‑116 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAg > 5:289423/1‑149 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAg < 3:265030/149‑1 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGAc > 4:250396/1‑102 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGAc < 3:250396/102‑1 (MQ=255) ccGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAgg > 7:168014/1‑149 (MQ=255) cGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGt > 6:61070/1‑149 (MQ=255) ggCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGtttt < 5:236724/149‑1 (MQ=255) gCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTc < 6:148494/149‑1 (MQ=255) aCCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGCTGTTCTTGCGCAGGTATTcc > 1:112832/1‑149 (MQ=255) cGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCCCCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAg > 4:37974/1‑149 (MQ=255) cGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGGACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTg > 6:150811/1‑134 (MQ=255) cGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTg < 5:150811/134‑1 (MQ=255) cGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAg < 6:289423/149‑1 (MQ=255) cGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTACACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAg > 1:101105/1‑149 (MQ=255) ctctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg > 6:320393/1‑101 (MQ=255) ctctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg < 5:320393/101‑1 (MQ=255) tctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAgg < 3:231899/137‑1 (MQ=255) tctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAgg > 4:231899/1‑137 (MQ=255) tctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTcg > 8:68099/1‑149 (MQ=255) agcagGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCgcggcg > 3:298796/1‑149 (MQ=255) agcagGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCgcggcg > 1:171609/1‑149 (MQ=255) gATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTAcc > 8:347733/1‑148 (MQ=255) aTCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGa > 5:302260/1‑149 (MQ=255) tctcGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTCTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGAt > 1:369584/1‑149 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGgatga < 8:350240/101‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGgatga > 7:350240/1‑101 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGAt < 7:90798/145‑1 (MQ=255) acgtcTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCTCGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt < 2:112832/145‑1 (MQ=255) aCCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt < 5:61070/149‑1 (MQ=255) ccACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAtc < 7:347733/149‑1 (MQ=255) ccACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAtc > 7:155433/1‑149 (MQ=255) cACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTcgc < 7:167978/131‑1 (MQ=255) cACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTcgc > 8:167978/1‑131 (MQ=255) tttttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGt > 1:374136/1‑149 (MQ=255) ttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtg < 6:42610/100‑1 (MQ=255) ttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtg > 5:42610/1‑100 (MQ=255) ttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCa < 3:319287/148‑1 (MQ=255) gTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGc < 2:152242/148‑1 (MQ=255) tATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCAc > 7:256267/1‑149 (MQ=255) cACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAg > 1:142983/1‑149 (MQ=255) cACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAg < 2:171609/149‑1 (MQ=255) ccTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCa > 5:111628/1‑109 (MQ=255) ccTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCa < 6:111628/109‑1 (MQ=255) ccTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGt < 2:101105/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGCCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCa < 7:265741/149‑1 (MQ=255) gCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggcgg > 8:335669/1‑148 (MQ=255) gCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggcgg > 7:276768/1‑148 (MQ=255) cACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTTTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCGATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCa < 2:369584/149‑1 (MQ=255) ggTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGc < 6:105606/149‑1 (MQ=255) tctc‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGc > 1:340918/1‑147 (MQ=255) ctc‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAg > 3:150148/1‑149 (MQ=255) tc‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTg > 8:83673/1‑130 (MQ=255) tc‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTg < 7:83673/130‑1 (MQ=255) tc‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGt > 1:128210/1‑149 (MQ=255) gCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGa < 3:249263/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCa > 2:85154/1‑138 (MQ=255) ccAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCa < 1:85154/138‑1 (MQ=255) aGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 2:374136/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 8:155433/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 2:128210/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGCTGCCACCTGGG‑GCAGCGACAGCACCGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 8:168014/149‑1 (MQ=255) tgTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGt > 8:313987/2‑149 (MQ=255) gTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGt > 2:260616/1‑148 (MQ=255) tCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCa > 2:353165/1‑149 (MQ=255) gCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCAcc > 2:268141/1‑149 (MQ=255) cACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCTGgc > 8:32737/1‑149 (MQ=255) cACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTAGTCACCCTGgc > 3:159876/1‑149 (MQ=255) cACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggc < 5:121434/122‑1 (MQ=255) cACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggc > 6:121434/1‑122 (MQ=255) aCCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCAGgcg < 1:353165/149‑1 (MQ=255) cTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCTGgcg > 6:311831/1‑147 (MQ=255) | CGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTC‑GGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCTGGCG > NC_002947/5688372‑5688665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |