| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 476,698 | G→T | 13.2% | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,698 | 0 | G | T | 13.2% | 165.5 / 13.1 | 62 | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/26); new base T (4/4); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
GTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGA > NC_002947/476551‑476834 | gTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAgg < 8:25153/149‑1 (MQ=255) tCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAgg > 6:205042/1‑148 (MQ=255) cccTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCa > 8:281069/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACg > 1:133883/1‑149 (MQ=255) gaCATGCTCGGTAGCATCGAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgatc < 5:182045/149‑4 (MQ=255) tGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgatcgcca < 5:19762/149‑8 (MQ=255) tGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg < 5:369568/149‑1 (MQ=255) gCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg > 1:42717/1‑148 (MQ=255) cTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATgg < 4:28966/148‑1 (MQ=255) tAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGt > 5:150351/1‑149 (MQ=255) tAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGt < 6:150351/149‑1 (MQ=255) tAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGt > 3:206373/1‑149 (MQ=255) cATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg > 5:318989/1‑139 (MQ=255) tCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgat < 7:221268/132‑3 (MQ=255) tCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgat > 8:221268/1‑130 (MQ=255) tCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTgccg > 3:236086/1‑149 (MQ=255) tCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTgccg > 3:354735/1‑149 (MQ=255) ggCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCt > 2:362005/1‑149 (MQ=255) ggtgtACTTCGCGCGTCCGGAATTCTGTTCCGACAATGGTTCGATGATCGCCTACGCGGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGGAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCAATCTGGACGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAg < 2:133883/148‑1 (MQ=255) gtgtACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCCTGCACGCTgatcgcc < 4:50476/125‑7 (MQ=255) 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ttCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGaa < 5:205042/149‑1 (MQ=255) tACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGt < 3:355657/146‑1 (MQ=255) tACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTg < 1:38178/147‑1 (MQ=255) aCCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCg > 8:257557/1‑149 (MQ=255) cGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCa < 8:139084/138‑1 (MQ=255) cGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCa > 7:139084/1‑138 (MQ=255) aaTGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTcgcg < 4:354735/149‑1 (MQ=255) tGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTg > 1:347408/1‑149 (MQ=255) tCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAAc > 1:319043/1‑146 (MQ=255) tCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACaa < 2:319043/148‑1 (MQ=255) ccTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTcg < 7:257557/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACaa > 8:101642/1‑138 (MQ=255) cGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACaa < 7:101642/138‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGgtt < 3:155150/149‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAAGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGgttg > 2:277143/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCaaa < 3:87672/132‑1 (MQ=255) ttGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCaaa > 4:87672/1‑132 (MQ=255) ccAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGttgttg < 4:236086/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGttgttg < 2:359292/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGc < 2:42717/149‑1 (MQ=255) ggcgctgGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGgc < 4:103649/146‑1 (MQ=255) gctgctgCCCGGCCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGgc > 7:277047/2‑149 (MQ=255) ccTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGgc < 8:29256/149‑1 (MQ=255) tgGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCca > 3:1041/1‑148 (MQ=255) gggCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCATGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGACGTTAGCGCCCTGCAAACAAGTAGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGaa > 5:244660/1‑148 (MQ=255) cagcagcaAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGatcat < 1:362005/149‑1 (MQ=255) cagcaAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACaa < 4:86241/110‑1 (MQ=255) cagcaAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACaa > 3:86241/1‑110 (MQ=255) caAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGt > 4:294612/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTa > 1:150297/1‑149 (MQ=255) tGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTcgcg > 4:213268/1‑106 (MQ=255) tGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTcgcg < 3:213268/106‑1 (MQ=255) ggCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGc > 6:110470/1‑149 (MQ=255) tcggccAGCGTGCCTGCACGCTGATCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCt > 4:185574/6‑149 (MQ=255) gCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGt < 2:37043/140‑1 (MQ=255) gCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGATCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGt > 1:37043/1‑140 (MQ=255) gCGATCAGCGTGCAAGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGc < 1:277143/148‑1 (MQ=255) gATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGa > 1:380624/1‑149 (MQ=255) | GTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGA > NC_002947/476551‑476834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |