Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,804,551 | T→A | 5.7% | N220Y (AAC→TAC) | PP_5083 ← | type IV pili biogenesis protein PilM |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,804,551 | 0 | T | A | 5.7% | 218.1 / 2.6 | 70 | N220Y (AAC→TAC) | PP_5083 | type IV pili biogenesis protein PilM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/33); new base A (2/2); total (35/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
CAGGCAGGTAGGTGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAGGCAATGT > NC_002947/5804404‑5804697 | caggcaggTAGGTGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTc < 6:268964/149‑1 (MQ=255) caggcaggTAGGTGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTc < 6:349904/149‑1 (MQ=255) aggtaggtGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTc < 5:97635/149‑1 (MQ=255) gtaggtGGACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCg < 6:168588/149‑1 (MQ=255) taggtACACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACGAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCgg < 7:91437/149‑1 (MQ=255) ggtGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑Gc < 1:214645/149‑1 (MQ=255) gCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAg > 4:213782/1‑149 (MQ=255) ggCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGt < 3:213782/149‑1 (MQ=255) 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ccAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTgg > 6:255501/1‑149 (MQ=255) cAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTgg > 2:254278/1‑148 (MQ=255) cAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTgg < 1:254278/148‑1 (MQ=255) ccagccCGGATTGATCGCTGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGTCTCTGACCGACCAGTAACGCCTGGAGCCGAGCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTGTGCAGCTCACAGCGCTTGTACGCCCTGcacn < 2:271004/149‑4 (MQ=255) ccagccCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCg > 4:16686/1‑149 (MQ=255) 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acaACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCg < 7:224487/149‑1 (MQ=255) acaACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCg < 1:188708/149‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGacac > 5:231741/1‑149 (MQ=255) cccGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAggg > 1:355134/1‑127 (MQ=255) cccGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAggg < 2:355134/127‑1 (MQ=255) cGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGGGAGCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACg > 1:303229/1‑149 (MQ=255) ccGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTCGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAgcg > 5:47467/1‑149 (MQ=255) ctctGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGTCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAgcgc < 4:72350/146‑1 (MQ=255) ctctGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGTCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAgcgc > 3:72350/1‑146 (MQ=255) tctGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAg > 7:213203/1‑70 (MQ=255) tctGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAg < 8:213203/70‑1 (MQ=255) gCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACg < 4:171290/116‑1 (MQ=255) gCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACg > 3:171290/1‑116 (MQ=255) gCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTcc > 5:242994/1‑148 (MQ=255) gCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGATGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGCGTTACGCTGCGGTTATCGACACGCAGCAGCGCTGCTcc > 7:182021/1‑148 (MQ=255) cGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTc > 6:255600/1‑148 (MQ=255) aCCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAg < 6:89400/149‑1 (MQ=255) gTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCa < 5:255600/149‑1 (MQ=255) gTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCa > 8:11789/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCGCAAGGCCAccc > 5:109654/1‑149 (MQ=255) cTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCCCAAGGCCACCCtgtg < 6:109654/149‑1 (MQ=255) gagaCGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGc < 4:300793/148‑1 (MQ=255) gaCGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCaa > 8:202784/1‑148 (MQ=255) gCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATg > 8:23515/1‑149 (MQ=255) gCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAATTCCACCCTGTGGCAACATGCGGcac < 6:47467/149‑1 (MQ=255) cgactggCCCGGACATGAACGG‑‑GCCAGTCTTTTGCCGCTCACAGCGCTTGTACGCCCTGCGCGGCTGCCAGTCATTAAGGGTTACGCTGCGGTTTTAGACACGCAGCAGCGATGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACCTGCgg < 8:74360/140‑1 (MQ=255) cgactggCCCGGACATGAACGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGGTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCgg > 7:74360/7‑146 (MQ=255) cATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGcac > 1:12389/1‑147 (MQ=255) cATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACaa < 5:255501/149‑1 (MQ=255) ttGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAgg < 7:273528/149‑1 (MQ=255) ttGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAgg > 4:194426/1‑149 (MQ=255) tggCCCGGACATGAACGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAgg < 8:83875/119‑1 (MQ=255) tggCCCGGACATGAACGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAgg > 7:83875/3‑121 (MQ=255) cccGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAGGCaa > 3:282815/1‑149 (MQ=255) ccGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAGGCAAt < 1:329246/149‑1 (MQ=255) gTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCGGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAGGCAAtgt > 4:369229/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACACTGTGGCAACATGCGGCACAACGCAAtga > 2:275533/1‑148 (MQ=255) tCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAg < 3:366957/67‑1 (MQ=255) tCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAg > 4:366957/1‑67 (MQ=255) | CAGGCAGGTAGGTGCACGGCACATTCAGCCGGCTGCCCAAGGCTTGTAGCCAGCCCGGATTGATCGATGAGCTGCTGGCAACCCACAACCCCGCAGGCCGGCTCTGCCCGACCAGTAAAGCCTGGAGACGCTCTGGCCATTGCCCGTTCATGTCCGG‑‑GCCAGTCGTTTGCAGCTCACAGCGCTGGTACGCCCTGCCCGGCTGCCAGTCATGAAGGGTTACGCTGCGGTTTTCGACACGCAGCAGCGCTGCTCCCTCAAGGCCACCCTGTGGCAACATGCGGCACAAGGCAATGT > NC_002947/5804404‑5804697 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |