Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,887,641 | C→A | 6.6% | A166D (GCT→GAT) | PP_5162 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,887,641 | 0 | C | A | 6.6% | 195.4 / 3.9 | 61 | A166D (GCT→GAT) | PP_5162 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/26); new base A (2/2); total (33/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.98e-01 |
ACCCACCTGCCCGGCAGCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGGCGCCGAC > NC_002947/5887496‑5887788 | acccaccTGCCCGGCAGCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCtt < 8:104475/148‑1 (MQ=255) ccaccTGCCCGGCAGCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGc > 5:284261/1‑149 (MQ=255) accTGCCCGGCAGCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTc > 1:277873/1‑149 (MQ=255) gCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAg < 3:172416/149‑1 (MQ=255) cctgcctgCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACg > 7:196734/1‑149 (MQ=255) ccccGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATAcc < 7:333815/149‑1 (MQ=255) ccGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTc < 6:337139/140‑1 (MQ=255) ccGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTc > 5:337139/1‑140 (MQ=255) gTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAAt < 1:287581/138‑1 (MQ=255) gTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAAt > 2:287581/1‑138 (MQ=255) gTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCgg > 1:208230/1‑148 (MQ=255) gCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCtt > 5:213280/1‑103 (MQ=255) gCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCtt < 6:213280/103‑1 (MQ=255) cATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGgct > 6:81037/1‑149 (MQ=255) cATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGgct > 3:142968/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGgctg > 6:165878/1‑149 (MQ=255) gACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGgcc > 2:145722/1‑106 (MQ=255) gCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCtt < 8:50537/149‑1 (MQ=255) ggCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTc > 6:102197/1‑149 (MQ=255) cgccTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCggg < 8:196734/149‑1 (MQ=255) gccTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGc > 4:62965/1‑149 (MQ=255) gCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGAc < 3:84440/148‑1 (MQ=255) gCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGAc < 4:142968/148‑1 (MQ=255) ttATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTCTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGa > 1:32558/1‑149 (MQ=255) ttATTTTGGCCACTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACACCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGa > 1:258048/1‑149 (MQ=255) tGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTc < 5:165878/148‑1 (MQ=255) gCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGcc > 3:165438/1‑149 (MQ=255) cccTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCt < 3:52287/123‑1 (MQ=255) cccTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCt > 4:52287/1‑123 (MQ=255) cccTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCgg < 6:284261/149‑1 (MQ=255) ccTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCggg < 8:150617/149‑1 (MQ=255) cTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCTAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGt > 5:69079/1‑149 (MQ=255) cTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGt > 2:117539/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTAcc < 2:277873/149‑1 (MQ=255) gCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTAc < 5:112744/147‑1 (MQ=255) gCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTAc > 6:112744/1‑147 (MQ=255) ccGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTc < 5:102197/149‑1 (MQ=255) cAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTcgc > 7:316378/1‑144 (MQ=255) cAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTcgc < 8:316378/144‑1 (MQ=255) cGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCgg < 5:81037/149‑1 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTAcc < 5:165354/128‑1 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTAcc > 6:165354/1‑128 (MQ=255) cAACAGCTTCATCGCGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTCCCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACAt > 1:185095/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTAAACGCCTCCAATACACTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGGCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATccc > 2:360521/1‑149 (MQ=255) gCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATccctg < 2:258048/149‑3 (MQ=255) cgtCGAGCAAAGCCTTGAGGATTGGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCgg > 2:283638/3‑145 (MQ=255) cgtCGAGCAAAGCCTTGAGGATTGGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCgg < 1:283638/143‑1 (MQ=255) cATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGt < 2:208230/147‑1 (MQ=255) tCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTcac > 8:144681/1‑148 (MQ=255) cGAGCAAAGCCTTGAGGATTGGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCt > 2:317909/1‑89 (MQ=37) cGAGCAAAGCCTTGAGGATTGGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCt < 1:317909/89‑1 (MQ=37) gCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCacac > 2:178106/1‑149 (MQ=255) cAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTg > 3:91192/1‑149 (MQ=255) aaTCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGc > 3:377047/1‑149 (MQ=255) aTCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGTCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTc < 5:48006/114‑1 (MQ=255) aTCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGTCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTc > 6:48006/1‑114 (MQ=255) aTCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGcc < 4:91192/149‑1 (MQ=255) cTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGgc > 2:220204/1‑149 (MQ=255) cTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGgc < 2:32558/149‑1 (MQ=255) aaGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGGCGcc > 6:119195/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGGCGCcgac < 1:178106/149‑1 (MQ=255) | ACCCACCTGCCCGGCAGCGAGCACCTGCCTGCGTCCCCGGCCGTGGCCATCTGGGACCGGCAAGGCCGCCTGGCTTATTTTGGCCCCTACAGCGAAGGTGCCGTGTGCAACGCCAGCAACAGCTTCATCGAGCCAATCCTCAAGGCTTTGCTCGACGGCCGCCAGGTCAACGCCTCCAATACCCTGGCGGTAGGCTGCTACTGCCCTTGGTCGGGCTGACGGACCCTCGCCGGGTTACCCACCACCGTCGCGCCCGCGGGCACATCCCGGGTCACCACACTGCCGGCGCCGAC > NC_002947/5887496‑5887788 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |