| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,978,102 | T→A | 5.5% | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,978,102 | 0 | T | A | 5.5% | 272.3 / 4.6 | 91 | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/48); new base A (3/2); total (40/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
CGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTG > NC_002947/5977957‑5978250 | cGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTcga < 3:159994/149‑1 (MQ=255)cGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTcga > 6:115816/1‑149 (MQ=255) cATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTcgacga < 8:162176/149‑1 (MQ=255) cATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTcgacga < 4:81276/149‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCCGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCacac < 3:114136/149‑1 (MQ=255) ggTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCacac < 1:4600/149‑1 (MQ=255) gTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACAccc > 2:41342/1‑149 (MQ=255) tCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGG‑AAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCct < 6:5623/149‑1 (MQ=255) ccAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCct > 1:34099/1‑149 (MQ=255) cAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCctc > 2:167786/1‑149 (MQ=255) cAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGc < 2:34099/149‑1 (MQ=255) cAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGc > 2:207892/1‑149 (MQ=255) acacacAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCt > 3:47546/1‑148 (MQ=255) acaGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATgc < 8:339885/149‑1 (MQ=255) acaGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATgc > 6:69283/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTGGAAGATGCACACCCCTCTGGACATgcgc > 4:80740/1‑149 (MQ=255) cccGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGcgccg > 5:112596/1‑149 (MQ=255) ccGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGcgccgc > 6:18797/1‑149 (MQ=255) ccGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGcgccgc > 5:79450/1‑149 (MQ=255) ccGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGcgccgc < 8:318503/149‑1 (MQ=255) gCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCgccgcc > 2:136802/1‑148 (MQ=255) gCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCgccgcc > 5:276893/1‑148 (MQ=255) cTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAg > 6:26138/1‑149 (MQ=255) cTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAg < 5:18797/149‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCCCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAg > 6:129108/1‑149 (MQ=255) gcccgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAgg < 6:120761/147‑1 (MQ=255) cccgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTc < 6:29637/149‑1 (MQ=255) ccgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCg < 3:370209/149‑1 (MQ=255) ccgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCg < 6:79450/149‑1 (MQ=255) ccgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCg < 1:167786/149‑1 (MQ=255) cgccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGc < 1:257483/149‑1 (MQ=255) gccAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCa < 6:276893/149‑1 (MQ=255) cAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGa > 6:151653/1‑149 (MQ=255) cAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGa < 6:161534/149‑1 (MQ=255) tGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACcg > 4:118624/1‑149 (MQ=255) ccAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCCCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCga < 5:129108/149‑1 (MQ=255) ggAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgagga < 6:366243/149‑1 (MQ=255) gAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgaggag < 2:5589/149‑1 (MQ=255) gAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgaggag > 7:111498/1‑149 (MQ=255) aTGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGACGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGCCCGCGCTCCGAGGAGGt > 6:15910/1‑149 (MQ=255) tGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGtt < 3:118624/149‑1 (MQ=255) cGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTtgt < 6:112596/149‑1 (MQ=255) cGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTtgt < 2:293697/149‑1 (MQ=255) gTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTtgtg > 4:94399/1‑149 (MQ=255) gTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTtgtg > 8:282983/1‑149 (MQ=255) cggcggAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGc > 8:44324/1‑120 (MQ=255) ggcggAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACCCCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGc > 1:147581/1‑149 (MQ=255) aaaCGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCCGGGTTTTGCGCA‑CCGAGGCATAGTCGTCGACGATGCCCCCCCCGGGGGGCAAGCGCCGCCCAGGCGGGCCGCCCCCGCGCCGGGGGGGGTGTGCATGGCCGccac > 7:241154/1‑146 (MQ=255) cGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTg < 4:221826/88‑1 (MQ=255) cGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTg > 3:221826/1‑88 (MQ=255) cGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATgg > 6:242784/1‑139 (MQ=255) cGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATgg < 5:242784/139‑1 (MQ=255) cGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTc < 1:201518/149‑1 (MQ=255) gACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGAt < 7:300709/74‑1 (MQ=255) gACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGAt > 8:300709/1‑74 (MQ=255) gACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGTGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTcc > 8:309207/1‑149 (MQ=255) gACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTcc < 2:126811/149‑1 (MQ=255) gTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGccc > 6:320788/1‑95 (MQ=255) gTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGccc < 5:320788/95‑1 (MQ=255) gTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCCTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCagcagc > 3:357853/1‑149 (MQ=255) ctcGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGtt < 5:260864/122‑1 (MQ=255) ctcGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGtt > 6:260864/1‑122 (MQ=255) 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aaCCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCgg < 7:282983/149‑1 (MQ=255) aaCCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGGCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCgg < 5:115816/149‑1 (MQ=255) gccgAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGc < 3:94399/149‑1 (MQ=255) aGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCt < 1:354388/149‑1 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTc < 5:69283/149‑1 (MQ=255) cagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCat < 6:1780/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCatgat > 1:226986/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCatgat < 5:151653/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCaa < 5:178843/108‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCaa > 6:178843/1‑108 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttc < 6:178090/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttc < 2:226986/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttct > 4:178585/1‑149 (MQ=255) cAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttctt > 3:122378/1‑149 (MQ=255) aGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttcttc < 5:26138/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttcttc < 2:147581/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttcttc < 4:122378/149‑1 (MQ=255) ccGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTgg < 5:121850/149‑1 (MQ=255) tgCATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACGGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtcg > 6:222648/2‑148 (MQ=255) gCATCGTCGTCGACGATGCACACCCGTCTGCTCTTGCGCGGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCGCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCAAGCAGCGTGGGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCTCCTTGgtcgtc < 5:179/149‑1 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGcc < 7:67487/82‑1 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGcc > 8:67487/1‑82 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCca < 2:176393/92‑1 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCca > 1:176393/1‑92 (MQ=255) tcgtcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCAcc < 1:136802/149‑1 (MQ=255) cgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGc < 4:357853/149‑1 (MQ=255) tcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTcttctt > 7:52002/1‑124 (MQ=255) tcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTcttctt < 8:52002/124‑1 (MQ=255) tcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTg > 1:345980/1‑149 (MQ=255) tcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTg > 6:192439/1‑149 (MQ=255) | CGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCA‑CCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCTCGCTG > NC_002947/5977957‑5978250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |