Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,838 | A→G | 16.8% | intergenic (+43/+67) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,838 | 0 | A | G | 16.8% | 101.5 / 14.1 | 48 | intergenic (+43/+67) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/26); new base G (3/5); total (16/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 |
CAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG > NC_002947/6013697‑6013982 | cAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAg < 1:114404/148‑1 (MQ=255) ggcggcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtct < 5:192620/149‑1 (MQ=255) gcggcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtctc < 4:38234/149‑1 (MQ=255) gcggcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAgcgttc < 4:93864/149‑6 (MQ=255) gcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAGGAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTGCACCACAAGtatc > 1:112824/1‑148 (MQ=255) cGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACg < 6:108055/149‑1 (MQ=255) aaCTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtctc < 6:88060/137‑1 (MQ=255) aaCTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtctc > 5:88060/1‑137 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTAc < 5:140763/148‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgt < 1:101432/149‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCtgtg < 6:358053/149‑1 (MQ=25) gCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCtgtg < 6:1618/149‑1 (MQ=25) ccGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGGGAAGTCGCTGGA‑‑AGGGGGTGGGGTCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc < 7:245665/148‑1 (MQ=255) tGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGcccg > 1:64623/1‑147 (MQ=255) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgt > 1:105714/1‑128 (MQ=255) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgt < 2:105714/128‑1 (MQ=255) tGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCACCCACAGGTGCAGCACAGGTCTAGAACGCGGTCCCGTACCTGTGGGCGCGGGCGTGACCGCGAATGGc > 8:92608/1‑149 (MQ=255) ccGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGcac < 2:240552/93‑1 (MQ=255) ccGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGcac > 1:240552/1‑93 (MQ=255) cGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCaa > 5:111691/1‑149 (MQ=255) ggTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAcc < 8:241501/149‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGGA‑‑AGGGGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCtt < 7:92608/149‑1 (MQ=255) cGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCTAATAACCGCTACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTGCAGCACAGTTCTCGAACGCTGTGCGTTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAt < 8:139563/148‑1 (MQ=37) gCTGGA‑‑TGTGGGTGTGTTCTGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATc < 2:162027/148‑1 (MQ=37) cTGGA‑‑CGGGTGTGTGTGCAGCTTCATCTATTAAACTCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCGGTGCCGTACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTg < 6:34855/149‑1 (MQ=25) tGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACACGTGCACCACAGGGCTCGAACCCGGTGCCGTACCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCCACCCGTTTTTCTgg > 2:77774/1‑149 (MQ=37) tGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTgg < 2:64623/149‑1 (MQ=255) gA‑‑AGGGGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCTCAGGTCTAGATCGCTTTGAGGTACCTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGtt < 5:266842/149‑1 (MQ=38) gacggtggtGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGt < 7:228452/145‑1 (MQ=255) tggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgc < 6:111691/149‑1 (MQ=255) tgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCGCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAg < 7:39664/149‑1 (MQ=255) tGCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAATGGCCCCAACCCGTTTATATGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACCACAAGCGCTGGTAAAGttgt > 4:340566/1‑146 (MQ=37) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGc > 4:36024/1‑149 (MQ=255) aCGCCCGCTACCACAGGTGCCGGACAGGTCTCGAACGGTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCt < 5:134622/149‑1 (MQ=39) 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6:332565/1‑109 (MQ=17) cccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaac < 5:332565/109‑1 (MQ=17) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:38264/1‑149 (MQ=21) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg > 6:305974/1‑141 (MQ=21) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg < 5:305974/141‑1 (MQ=21) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 5:96108/1‑148 (MQ=255) caGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa < 2:112824/149‑1 (MQ=255) ggTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACTAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 1:77774/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTg > 7:173325/1‑149 (MQ=255) | CAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGA‑‑AGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG > NC_002947/6013697‑6013982 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |